Sprawa okoliczności śmierci Stanisława Pyjasa wróciła na forum publiczne za sprawą publikacji emerytowanego prof. Zdzisława Marka "Głośne zdarzenia w świetle medycyny sądowej". Podaje on tam, że student został uderzony gwałtownie otwieranymi drzwiami, a potem usiadł na schodach, zachłysnął się krwią z rozbitej wargi, zaczął się dusić i upadł na posadzkę, doznając obrażeń. O sprawie napisała "Rzeczpospolita". Prof. Marek był biegłym, który w 1977 roku przeprowadzał ekspertyzę w sprawie obrażeń zmarłego studenta. Na podstawie jego twierdzeń prokuratura informowała wówczas, że pijany student potknął się na schodach, spadł i zadławił własną krwią. Dopiero w śledztwie prowadzonym w latach 90. prokuratura ustaliła, że krakowski student został pobity, a jego ciało podrzucone na klatkę schodową kamienicy przy ul. Szewskiej w Krakowie. Prowadzący wówczas śledztwo prok. Krzysztof Urbaniak ponownie potwierdził te ustalenia. Powołał się na wydaną w 2001 roku razem z IPN książkę "Sprawa Stanisława Pyjasa", nazywając ją "swoistą białą księgą", w której przedstawiono wszystkie dotychczasowe ustalenia, decyzje i dokumenty w tej sprawie. Urbaniak obecne twierdzenia prof. Marka określa mianem "fantazyjnych wersji, dalekich od rzeczywistych ustaleń, zmierzających być może do wybielenia własnej osoby". - Jest to zastanawiające, bo autor tej publikacji zna naszą książkę, w której podano ustalenia dotyczące przyczyny śmierci i mechanizm powstałych obrażeń. Mało tego, powołuje się na nią, a mimo to snuje własne fantazje - zauważa Urbaniak. Twierdzeń emerytowanego biegłego w ogóle nie chce komentować naczelnik pionu śledczego krakowskiego oddziału IPN prok. Piotr Piątek. - Realizujemy własny plan śledztwa, w jego toku przesłuchujemy przewidzianych w tym planie do przesłuchania świadków - powiedział prok. Piątek. Wersje Zdzisława Marka są znane prokuraturze i znalazły się w protokole jego przesłuchania jako świadka. Ciało Stanisława Pyjasa znaleziono 7 maja 1977 r. w bramie kamienicy przy ul. Szewskiej w Krakowie. Prokuratura, która po śmierci studenta prowadziła śledztwo, umorzyła sprawę, twierdząc, że Pyjas "spadł ze schodów". Dla przyjaciół i znajomych Pyjasa ta wersja okoliczności jego śmierci była od początku niewiarygodna, bo wiedzieli, że interesowała się nim bezpieka. Śledztwo wznowiono w 1991 r., a potem jeszcze kilkakrotnie podejmowano i umarzano z powodu niemożności wykrycia sprawców. W maju 2008 przejął je do prowadzenia krakowski IPN. W planie śledztwa znalazło się ponowne przesłuchanie świadków, m.in. Lesława Maleszki. Maleszka, który przyjaźnił się z Pyjasem, był już przesłuchiwany we wcześniejszych śledztwach. W połowie lat 90. zeznawał jako były TW, choć jego dawni przyjaciele nie wiedzieli wtedy o jego przeszłości, a śledczych obowiązywała tajemnica. W 2001 r. działacze Studenckiego Komitetu Solidarności ujawnili, że był on zarejestrowany jako TW "Ketman", a sam Maleszka przyznał się do tego publicznie po zdemaskowaniu. Zarzuty utrudniania śledztwa z lat 70. przedstawiono sześciu osobom. Według prokuratury, w wyniku działalności oskarżonych zaprzepaszczono szanse na ustalenie okoliczności śmierci Pyjasa. Trzech z oskarżonych zmarło w toku postępowania, dwóch zostało prawomocnie skazanych, zaś proces przeciw b. wiceministrowi SW gen. Bogusławowi Stachurze, z powodu złego stanu zdrowia oskarżonego, został zawieszony. Śmierć Stanisława Pyjasa była impulsem do utworzenia w 1977 r. Studenckiego Komitetu Solidarności.