Stokłosa ma też zwrócić kilka milionów złotych korzyści majątkowych, które uzyskał w wyniku działań przestępczych. Łącznie Stokłosa oskarżony jest o 21 przestępstw. Dla innych oskarżonych w tym procesie: księgowej Elżbiecie N., która miała pomagać w działaniach korupcyjnych, prokurator zażądał kary 3 lat więzienia, a wobec sędziego Sądu Administracyjnego w Poznaniu Ryszarda S., który miał wziąć od Stokłosy łapówkę, prokurator zażądał kary 1,5 roku ograniczenia wolności. Proces byłego senatora zaczął się w kwietniu 2009 roku. Według oskarżenia Stokłosa w latach 1989-2005 uzyskiwał nienależne wielomilionowe umorzenia podatkowe, dzięki powiązaniom ze skorumpowanymi urzędnikami resortu finansów (mają już oddzielny proces), a także sędzią sądu administracyjnego z Poznania. Stokłosa ma także zarzuty bezprawnego więzienia i bicia swoich pracowników, sfałszowania oświadczenia o czynnym prawie wyborczym, wyłudzenia pieniędzy z funduszy Unii Europejskiej i utrudniania pracy policji w sprawie postępowania dotyczącego zatrucia środowiska naturalnego.