W protokole z posiedzenia komisji czytamy m. in.: " Prof. dr hab. Andrzej Chwalba, kandydując na stanowisko prezesa Instytutu Pamięci Narodowej (na stanowisko zatem, którym interesują się wszystkie ugrupowania polityczne), z racji swych nieostrożnych wypowiedzi utracił szansę wyboru i jest to jego osobiste niepowodzenie. Stało się ono jednak pretekstem do mniej lub bardziej bezpośrednich ataków prasowych na Uniwersytet. W interesie naszej uczelni, obchodzącej obecnie swój kolejny, zasłużony jubileusz, leży unikanie tego rodzaju sytuacji. Walki polityczne, zwłaszcza prowadzone metodami powodującymi erozję wszelkich autorytetów, rzutować mogą na zarówno naukową jak i kulturotwórczą pozycje Uniwersytetu. Należałoby zatem prowadzić do wyciszenia sytuacji, jaka powstała wokół profesora Andrzeja Chwalby, a na przyszłość [...] sytuacji takich unikać". Rektorska Komisja ds. Etyki Nauczycieli Akademickich jednomyślnie postanowiła wystąpić do rektora uczelni z opinią urlopowania prof. Chwalby z pracy w uczelni, na przykład na okres pół roku - poinformował rzecznik prasowy UJ Leszek Śliwa. Zarówno rektor UJ, jak i prof. A. Chwalba, zgodzili się z sugestią wyrażoną w opinii komisji, wskutek czego prof. A. Chwalba wystąpił z wnioskiem o udzielenie mu w trybie pilnym urlopu naukowego od 15 lutego do 30 września 2000 r. W czasie urlopu prof. Andrzeja Chwalby obowiązki prorektora UJ ds. dydaktyki pełnił będzie pełnomocnik rektora.