W akcie oskarżenia Prokuratura Okręgowa Warszawa-Praga postawiła Stokłosie 21 zarzutów. Uznała, że Stokłosa w latach 1989-2005 uzyskiwał nienależne wielomilionowe umorzenia podatkowe, dzięki powiązaniom ze skorumpowanymi urzędnikami resortu finansów (trwa już ich oddzielny proces), a także sędzią sądu administracyjnego z Poznania, który jest współoskarżonym w tym procesie. Oskarżonej w tej sprawie księgowej Stokłosy, Elżbiecie N., postawiono zarzuty pomocnictwa w łapownictwie oraz w wyłudzeniach, a Ryszardowi S. - przyjmowania korzyści majątkowych (miał przyjąć od Stokłosy ok. 40 tys. zł). Stokłosę - poszukiwanego międzynarodowym listem gończym- zatrzymała w 2007 r. niemiecka policja. Został w grudniu 2007 r. wydany Polsce na mocy Europejskiego Nakazu Aresztowania.