Podpis pod ustawą, w której parlament wyraził zgodę na ratyfikację Traktatu, nie oznacza jeszcze ratyfikacji. Nastąpi ona, gdy prezydent podpisze akt ratyfikacyjny. Zgodnie z ustaleniami UE, ratyfikacja Traktatu we wszystkich państwach Unii powinna nastąpić do końca roku 2008. Ustawę o wyrażaniu zgody na ratyfikację przez prezydenta Traktatu z Lizbony Sejm uchwalił 1 kwietnia. Następnie - 2 kwietnia - na ratyfikację zgodził się Senat. Prezydent podpisał ustawę w środę, 9 kwietnia. W dniu, w którym Senat wyraził zgodę na ratyfikację prezydent powiedział, że ratyfikuje Traktat Lizboński, kiedy zostanie zrealizowana umowa dotycząca "ustawy zabezpieczającej". Nowelizacja ustawy o współpracy rządu z parlamentem w sprawach członkostwa Polski w UE jest jednym z punktów uzgodnionego przez premiera i prezydenta na Helu kompromisu w sprawie ratyfikacji Traktatu z Lizbony. PiS chciał mieć ustawowe gwarancje, że jedynie zgoda prezydenta, rządu i parlamentu może być w przyszłości podstawą do odejścia od kompromisu z Joaniny (zakłada korzystny dla Polski mechanizm blokowania decyzji w UE) lub od protokołu brytyjskiego (ogranicza stosowanie Karty Praw Podstawowych). Prace nad nowelizacją ustawy trwają w Kancelariach: Premiera i Prezydenta; swój projekt przygotowuje również klub PiS. Własną propozycję przedstawił również polityk PiS, b. marszałek Sejmu Ludwik Dorn. Ma ona na celu przedłużenie procesu decyzyjnego w wypadku prób odejścia od mechanizmu z Joaniny i protokołu brytyjskiego. Na tle ratyfikacji Traktatu z Lizbony doszło do różnicy zdań w klubie parlamentarnym PiS. Część członków klubu - 56 posłów i 17 senatorów - opowiedziała się przeciwko zgodzie na ratyfikację Traktatu. W grupie tej byli eurosceptyczni politycy PiS m.in. związani ze środowiskiem Radia Maryja. Teraz przygotowują oni wniosek do Trybunału Konstytucyjnego w sprawie Traktatu z Lizbony uważając, że jest on niezgodny z polską konstytucją. Główne postanowienia Traktatu Lizbońskiego, nowe w stosunku do obecnie obowiązującego Traktatu z Nicei, to usprawnienie unijnych instytucji poprzez przyjęcie nowego systemu podejmowania decyzji w UE, a także nadanie Unii osobowości prawnej oraz wiążącego charakteru Karcie Praw Podstawowych (Polska przyłączyła się do protokołu brytyjskiego, tzw. opt-outu w sprawie Karty). Traktat Reformujący (Traktat Lizboński) reguluje też sposób wychodzenia z Unii państwa, które zdecydowałoby się na taki krok. Nowy Traktat ma wejść w życie na początku 2009 roku, kończąc trwające od 2002 roku dyskusje nad reformą instytucjonalną rozszerzonej UE - pod warunkiem jednak, że tym razem nie będzie problemów z jego ratyfikacją. Poprzedni projekt traktatu konstytucyjnego UE przepadł w 2005 roku w referendach we Francji i Holandii.