Do współczesnych zagrożeń dla Kościoła Komorowski zaliczył "złą komunikację, nieostrożne słowo i brak dialogu". Zaznaczył, że Kościół musi być otwarty na dialog, także z niewierzącymi. Prezydent zwrócił uwagę na konieczność organizacji duszpasterstwa dla ludzi rozwiedzionych. Prezydent ocenił, że warto budować relacje państwa z Kościołem "zgodnie z zasadą wzajemnego poszanowania autonomii i przyjaznego rozdziału Kościoła i państwa". "To nasze polskie doświadczenie przyjaznego rozdziału - a nie wrogiego, którego także doświadczyliśmy w czasach PRL - zobowiązuje wszystkich wierzących i wszystkich niewierzących" - podkreślił. "Wiara jest osobistym doświadczeniem, ale wierni to wspólnota, wierni Kościołów, ludzie wiary współtworzą społeczeństwo i żyją w nim według zasad, które często czerpią z nauk społecznych swoich Kościołów, różnych Kościołów. Jako wierny, staram się patrzeć na Kościół katolicki od wewnątrz, jako prezydent muszę postrzegać i postrzegam Kościół jako ważny element społeczeństwa obywatelskiego" - dodał prezydent. Jak mówił, Kościół katolicki w Polsce jest ważnym punktem odniesienia dla większości obywateli. "Widzę więc też wiele źródeł nadziei dla Kościoła katolickiego i dla relacji między wiarą a społeczeństwem. Jest to m.in. także i postać obecnego papieża Franciszka. Jego Kościół ubogi, jego otwartość na cierpienie, jego skromność, a zarazem wielka umiejętność komunikowania, są ogromnie cenne. Budzą nadzieję wielu wiernych czekających na pozytywne zmiany" - podkreślił Komorowski. Zdaniem prezydenta widać to także "w tym mocnym akcencie, impulsie, w kwestii szeroko dzisiaj omawianej, wywołującej emocje, debaty na temat bolesny, jakim jest pedofilia, przecież obejmująca nie tylko Kościół, ale całość społeczeństwa". Komorowski podkreślił, że Kościół w Polsce to dorobek Jana Pawła II, męczeńska śmierć ks. Jerzego Popiełuszki, to "solidarność sumień, dialog z niewierzącymi, debata opisana przez Adama Michnika w książce +Kościół, lewica, dialog+, a potem współdziałanie polityczne od KOR-u po okrągły stół i budowę Polski niepodległej". "To także prymasowski komitet pomocy osobom internowanym - także i mojej osobie, za co staram się zachować zawsze wdzięczną pamięć" - mówił. "Te wielkie dzieła polskiego Kościoła powinny być w jakimś wymiarze kontynuowane. Drogę widzę w nowoczesnych duszpasterstwach akademickich i w wielkim dziele wspierania potrzebujących. Chodzi tu o ośrodki wspierania dla ubogich, dla samotnych matek, dla uzależnionych, ośrodki prowadzące terapię rodzin, mediacje rodzinne, duszpasterstwo świeckich, ośrodki informacji o sektach" - dodał Komorowski. Podkreślił, że dziś najważniejszym jest pytanie o to, na ile wiara może wspierać nowoczesne społeczeństwo w Polsce, po 25 latach jego transformacji. "Na ile moralny autorytet Kościoła może na przykład pomóc nie tylko tworzyć dobry klimat dla rodziny, ale także uczyć szacunku dla państwa, dla prawa, nie tylko w symbolicznym wymiarze poczucia obowiązku obywatelskiego płacenia podatków?" - pytał prezydent. W ocenie Komorowskiego, każdy dialog jest ważny, a szczególnie ten, który dotyczy fundamentów funkcjonowania i państwa, i społeczeństwa, który "może sprzyjać szukaniu tego, co wspólne, pomimo naturalnych różnic, także różnic światopoglądowych". W debacie uczestniczyli m.in.: metropolita warszawski kard. Kazimierz Nycz, nuncjusz apostolski w Polsce abp Celestino Migliore, ordynariusz diecezji warszawsko-praskiej abp Henryk Hoser oraz ludzie nauki i kultury. Sobotnią debatę poprzedziły dwie debaty piątkowe nt.: "Wiara a nauka" oraz "Wiara a kultura". Dziedziniec Dialogu jest elementem odbywającego się na całym świecie od dwóch lat cyklu spotkań. Ich inicjatorem był papież Benedykt XVI, chciał on, by w ten sposób Kościół rozpoczął dialog z niewierzącymi. Za spotkania te odpowiedzialna jest Papieska Rada ds. Kultury z przewodniczącym kard. Gianfranco Ravasim, który był obecny podczas debat w Warszawie.