Ceremonię pogrzebową poprzedziła msza św. w katedrze św. Jana na Starym Mieście. W mszy uczestniczyli członkowie rodziny i bliscy prezydenta, przedstawiciele władz państwowych, m.in. marszałek Sejmu Bronisław Komorowski, marszałek Senatu Bogdan Borusewicz, b. prezydent Lech Wałęsa, b. premier Tadeusz Mazowiecki, wicepremier Waldemar Pawlak, minister spraw zagranicznych Radosław Sikorski, minister edukacji Katarzyna Hall, prezydent m.st. Warszawy Hanna Gronkiewicz-Waltz, Władysław Bartoszewski, harcerze z wszystkich organizacji harcerskich oraz mieszkańcy stolicy. Podczas mszy na trumnie z ciałem prezydenta, przykrytej proporcem, spoczywała też czapka harcerska. Ryszard Kaczorowski był bardzo związany z harcerstwem. Jako 14-latek wstąpił do harcerstwa. Był instruktorem, drużynowym, zastępcą komendanta białostockiego Pogotowia Harcerskiego, mającego pełnić funkcję pomocniczą w przypadku wojny. Po wejściu Sowietów do Białegostoku, współtworzył na jego terenie konspiracyjne struktury Szarych Szeregów. Nauczyciel prawdziwej polskości - Niech przykład tego wielkiego, pięknego życia dla Boga, dla Ojczyzny, dla bliźniego, jaki przedstawiał druh Ryszard Kaczorowski, późniejszy prezydent i przyjaciel Polski, niech będzie dla nas zachętą, byśmy umieli żyć tymi prawdami i ideami, za które można i warto ponosić wielkie ofiary - mówił w homilii prymas senior ks. kard. Józef Glemp. Podkreślił, że długim, bogatym, ponad 90-letnim życiem prezydenta Kaczorowskiego, pełnym trudności i zwycięstw, można by obdzielić trzy pokolenia. - Niech Pan Bóg Ci wynagrodzi to wszystko, co uczyniłeś dla Ojczyzny, co uczyniłeś dla nas. I za to bycie nauczycielem patriotyzmu, nauczycielem prawdziwej polskości - tymi słowami zwrócił się do zmarłego prezydenta metropolita warszawski abp Kazimierz Nycz. Z kolei marszałek Sejmu Bronisław Komorowski wspomniał, że Ryszard Kaczorowski był człowiekiem niezwykłej pogody ducha, od którego promieniowała radość, akceptacja świata. - To było widać w każdej chwili, to było czuć w każdym momencie rozmowy i bezpośredniego kontaktu - mówił marszałek. Przypomniał, że w prawie harcerskim zapisano, że harcerz ma być człowiekiem pogodnym. - To wielka rzecz: być pogodnym człowiekiem mimo trudnego losu. To wielka sprawa: umieć przekazać innym taką postawę wobec życia - zaznaczył Komorowski. Powierzony Warszawie Abp Józef Michalik podziękował zmarłemu prezydentowi za to, że w swoim testamencie zapisał, iż chce spocząć w Świątyni Opatrzności Bożej w warszawskim Wilanowie. - Dobrze, że powstaje panteon wielkich Polaków, gdzie znajdzie się miejsce dla tych, którzy ukochali Polskę, a najbardziej ukochali Warszawę. Do nich należy ostatni prezydent RP na uchodźstwie, śp. Ryszard Kaczorowski - mówił hierarcha. Podziękował też rodzinie zmarłego, że "powierza go Warszawie". - To człowiek-symbol, harcerz i więzień Sybiru, bohater spod Monte Cassino (...) Ryszard Kaczorowski to człowiek wielkiej kultury politycznej, który dla uniknięcia wszelkich okazji do podziału, do podejrzeń, przekazał insygnia władzy prezydentów Rzeczypospolitej (...) prezydentowi Lechowi Wałęsie - powiedział abp Michalik. Także metropolita warszawski odniósł się do miejsca spoczynku ostatniego prezydenta II RP. Wspomniał, że w piątek 9 kwietnia, w przeddzień wyjazdu do Katynia, Ryszard Kaczorowski przyjechał z jedną ze swoich córek do Świątyni Opatrzności Bożej w Wilanowie, po to, by - jak powiedział - "swojemu przyjacielowi, ks. Zdzisławowi Peszkowskiemu (kapelanowi Rodzin Katyńskich, który jest w Świątyni pochowany) powiedzieć: Czuwaj". - Patrzył na to miejsce, w którym będzie dzisiaj pochowany - nie wiedząc, że będzie to tak szybko - i powiedział: "To jest piękne miejsce, trzeba sobie na nie zasłużyć" - mówił metropolita. - Panie Prezydencie! Zasłużyłeś na to miejsce wielorako i wielokrotnie - zapewnił metropolita warszawski, co zebrani w katedrze przyjęli brawami. Wierny prawdzie o Katyniu Gdy kondukt z trumną z ciałem prezydenta Kaczorowskiego dojeżdżał do Świątyni Opatrzności Bożej, tłum zgromadzony wokół niej spontanicznie zaintonował hymn narodowy. Żołnierze oddali salwę honorową. Podczas uroczystości w świątyni prezydenta żegnał minister finansów Jacek Rostowski. Mówił, że należał on do pokolenia ludzi, dla którego wiara w niepodległościową tradycję Rzeczypospolitej, niezłomna wiara w odrodzenie wolnej Polski i umiłowanie prawdy były najważniejszym posłannictwem. - Chcę dziś z dumą powiedzieć - to był także mój prezydent - podkreślił. - Ryszard Kaczorowski był wśród tych, którzy zachowali wierność prawdzie o Katyniu. Zapominamy czasami, jak trudno było jemu oraz jego poprzednikom na emigracji głosić tę prawdę. (...) Dziś dzięki jego wierze i ofierze 95 towarzyszy podróży cały świat zna już tę prawdę. Śmierć Ryszarda Kaczorowskiego i jego towarzyszy w podróży do ziemi katyńskiej to nie tylko symboliczne uwiecznienie jego ziemskiej pielgrzymki, to także zalążek wzajemnego zrozumienia i pojednania. Zrozumienia między narodami polskim i rosyjskim i pojednania między Polakami - powiedział. Rostowski przypomniał orędzie Kaczorowskiego wygłoszone dzień przed przekazaniem Lechowi Wałęsie insygniów prezydenckich II RP. - Powiedział: "Oby lojalność wobec narodu, wierność jego prawom i tradycjom stała się drogowskazem, co nas wszystkich ocali od rozbicia i mocno połączy w służbie Polsce". Panie Prezydencie chcemy dziś odpowiedzieć na pański apel, chcemy być razem w służbie Polsce - zapewnił Rostowski.