Postępowanie zostało wszczęte "w sprawie ukrycia lub zniszczenia w nieustalonym czasie nie wcześniej niż we wrześniu 1992 roku (...) dokumentów w postaci kilkudziesięciu kart akt spraw operacyjnych i mikrofilmów wytworzonych przez służby bezpieczeństwa oraz notatek funkcjonariuszy Urzędu Ochrony Państwa, a pozostających w latach 1992-94 w zasobie archiwalnym UOP po ich uprzednim wydaniu przez kierownictwo Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i UOP". Zawiadomienie o możliwości popełnienia przestępstwa złożyli m.in. współzałożyciel WZZ Krzysztof Wyszkowski i stoczniowiec Henryk Jagielski. O wszczęciu postępowania nie wiedział prokurator krajowy Marek Staszak, który odesłał właśnie do Prokuratury Okręgowej. Nie udało skontaktować się z rzeczniczką PO. Krzysztof Wyszkowski powiedział, że prokuratura zawiadomiła go o rozpoczęciu śledztwa. Lech Wałęsa, który przebywa za granicą, w odpowiedzi na pytanie PAP napisał w e-mailu: - Dokumenty, o których mowa, były ksero z ksero i nie były liczone i sprawdzane pojedynczo, a paczkę przyjęto i paczkę oddano. Odpowiedzialnym za całość w tej sprawie był świętej pamięci minister Zakrzewski. To tyle, co wiem w tej sprawie. Akta wytworzone przez UOP na temat Wałęsy trafiły do Kancelarii Prezydenta mocą decyzji ówczesnego szefa MSW Andrzeja Milczanowskiego. Teczka wróciła do UOP po kilku miesiącach zdekompletowana. Wszczęto śledztwo w tej sprawie, a kolejne ekipy UOP żądały od Wałęsy zwrotu akt. Sławomir Cenckiewicz i Piotr Gontarczyk w swojej książce "SB a Lech Wałęsa" napisali, że prowadząca śledztwo prokurator Małgorzata Nowak "początkowo zamierzała powiadomić marszałka Sejmu o możliwości popełnienia przestępstwa przez urzędującego prezydenta, jednak taką możliwość zablokowali jej przełożeni", powołując się na prezydencki immunitet. Przekazanie przez Milczanowskiego Wałęsie oryginałów akt, bez pośrednictwa tajnych kancelarii, naruszało prawo. Prokuratura, która początkowo postawiła Milczanowskiemu oraz szefom UOP Jerzemu Koniecznemu i Gromosławowi Czempińskiemu zarzut utraty tajnych akt, w 1999 r. umorzyła śledztwo, uznając że według Kodeksu karnego nieumyślna utrata tajnych dokumentów nie jest przestępstwem. Nie wiadomo na jakiej podstawie Prokuratura Okręgowa ponownie wszczęła postępowanie w sprawie wcześniej umorzonej.