Po kontrolach Izba skierowała do organów ścigania 74 zawiadomień o popełnieniu przestępstwa. Największe stwierdzone przez NIK nieprawidłowości finansowe w 1999 r. dotyczyły nie egzekwowanych należności budżetowych (np. mandatów, podatków, kar) i wydatków dokonywanych z naruszeniem prawa (np. centralnego zakupu sprzętu przez policję czy leków przez resort zdrowia). Wojciechowski powiedział, że w minionym roku największym problemem Polski była korupcja i brak szacunku dla prawa. Działania niezgodne z prawem NIK zarzuca m.in. ministerstwu zdrowia, które w 1999 r. wydało nielegalnie 239 mln zł na tzw. centralne zakupy leków. Zdaniem Wojciechowskiego, poprawa jest widoczna w dziedzinie zamówień publicznych; administracja rządowa stosuje w tej dziedzinie na ogół właściwe procedury. Według prezesa NIK, najważniejsze kontrole dotyczyły bezpieczeństwa kraju i spraw społecznych. Jako przykład podał kontrolę działania policji drogowej, szkoleń funkcjonariuszy oraz przygotowania policji do zwalczania przestępczości zorganizowanej. W opinii kontrolerów, decentralizacja struktur policji osłabiła efektywność jej pracy i utrudniła koordynację działań.