68-letni Milczanowski, któremu grozi do 5 lat więzienia, nie przyznaje się do zarzutu. Oleksy nie szczędził krytycznych słów swemu dawnemu ministrowi; ten nie pozostawał mu dłużny. Przed Sądem Okręgowym w Warszawie prokurator odczytał jawnie zarzuty z aktu oskarżenia, po czym sąd, na wniosek prokuratora, utajnił proces. Po kilku godzinach przesłuchania Milczanowskiego proces odroczono do środy, kiedy ma być przesłuchiwany Oleksy. Przed wejściem na salę sądu Milczanowski (obecnie notariusz w Szczecinie) powiedział, że nie ma sobie "absolutnie nic do zarzucenia" i dzisiaj zrobiłby to samo. Dodał, że miał podstawy do złożenia zawiadomienia o przestępstwie szpiegostwa. - Czy w sytuacji kryzysowej państwa mogłem odmówić zawiadomienia osób, będących przecież filarami i gwarantami demokratycznego ładu i porządku w państwie? - pytał retorycznie. Oleksy, który jest oskarżycielem posiłkowym, powiedział, że jest już zmęczony tą sprawą, z "którą Polska nie dała sobie rady". Dodał, że nic nie zmieni szkód, jakie wyrządził mu Milczanowski, który w całej sprawie "zaufał dawnym esbekom". - A pan Oleksy nie ufał esbekom? - replikował Milczanowski. Zdaniem Oleksego, Milczanowski powinien cieszyć się z tajności procesu, bo inaczej wyszłyby na jaw wszystkie nieprawidłowości w całej sprawie. - Pycha, buta i pewność siebie zaprowadziły pana Milczanowskiego na ławę oskarżonych; nie dziwi mnie, że powtarza to, co sobie wymyślił - dodał. Pierwotnie proces miał się zacząć w październiku 2005 r., ale wówczas sąd zwrócił sprawę Prokuraturze Okręgowej w Warszawie, by odtajniła cztery stawiane Milczanowskiemu zarzuty. Ich tajność powodowałaby bowiem, że sąd nie mógłby jawnie ogłosić sentencji wyroku - a jest to bezwzględnym wymogiem prawa. W styczniu 2006 r. prokuratura odtajniła zarzuty i ponownie skierowała do sądu akt oskarżenia. Proces najprawdopodobniej będzie tajny - odtajniono nie całą sprawę, tylko same zarzuty. Odtajniając je, prokuratura potwierdziła nieoficjalne informacje mediów, że główny zarzut dotyczy wystąpienia Milczanowskiego 21 grudnia 1995 r. w Sejmie, gdy powiedział jako tzw. prezydencki szef MSW, iż ówczesny premier Józef Oleksy (SLD) był źródłem informacji dla wywiadu b. ZSRR, a później Rosji - m.in. podczas swych kontaktów z oficerem KGB Władimirem Ałganowem. Inne zarzuty dotyczą bezprawnego - zdaniem prokuratury - powiadomienia o zarzutach wobec Oleksego przez Milczanowskiego ówczesnego prezydenta-elekta Aleksandra Kwaśniewskiego oraz marszałków Sejmu i Senatu, I prezesa Sądu Najwyższego, prezesa Trybunału Konstytucyjnego i prezesa Naczelnego Sądu Administracyjnego, a także szefa MSZ Władysława Bartoszewskiego. Cała sprawa, ujawniona na kilka dni przed końcem kadencji prezydenta Lecha Wałesy, gdy prezydentem-elektem był Kwaśniewski, wywołała wielki kryzys polityczny. Oleksy nazwał sprawę prowokacją, bo MSW sugerowało za kulisami jego odejście z urzędu premiera. Zaprzeczył, by był agentem, choć przyznał, że "biesiadował" z Ałganowem. Oświadczył, że zerwał z nim kontakty, gdy w 1994 r. ówczesny szef Urzędu Ochrony Państwa gen. Gromosław Czempiński ostrzegł go, wówczas marszałka Sejmu, że Ałganow to oficer wywiadu. W początkach 1996 r. Oleksy podał się do dymisji, gdy prokuratura wojskowa wszczęła śledztwo w jego sprawie (wniósł o to 19 grudnia 1995 r. Milczanowski). W kwietniu 1996 r. umorzono je wobec niestwierdzenia przestępstwa szpiegostwa. Prokuratura podkreśliła, że materiały zebrane przez UOP nt. Oleksego można traktować "wyłącznie jako poszlaki". Do dziś nie wiadomo, kto był agentem KGB o kryptonimie "Olin". W 1996 r. rząd następcy Oleksego Włodzimierza Cimoszewicza (SLD) opublikował w "Białej Księdze" wybór dokumentów sprawy Oleksego, aby dowieść bezpodstawności zarzutów wobec niego. Milczanowski uznał, że ujawniła ona mechanizmy działania polskiego wywiadu. Mówił, że nikt nigdy nie odpowiadał za to "skandaliczne ujawnienie", które nazwał "zdradą stanu", a on sam musi odpowiadać przed sądem za swe wystąpienie sejmowe. Ówczesny szef MSW Zbigniew Siemiątkowski zapewniał, że "Biała Księga" nie zagroziła interesom tajnych służb. Warszawska prokuratura badała, czy Milczanowski przekroczył obowiązki służbowe, ujawniając tajemnicę państwową, jaką są informacje służb specjalnych o danej osobie. Prokuratura oparła się m.in. na sprawozdaniu sejmowej komisji nadzwyczajnej, która badała legalność działań w sprawie Oleksego. Według przyjętego w 1996 r. przez Sejm sprawozdania, działania w tej sprawie oficerów UOP oraz Milczanowskiego mogły naruszać prawo. Śledztwo w sprawie Milczanowskiego pierwotnie umorzono w 1998 r., bo uznano, że minister może odpowiadać tylko przed Trybunałem Stanu. Oleksy odwołał się od tej decyzji do sądu, który w 2000 r. nakazał wznowić śledztwo. W 2001 r. Trybunał Konstytucyjny orzekł zaś, że minister może odpowiadać przed sądem karnym za przestępstwa popełnione w związku z zajmowanym stanowiskiem, jeśli Sejm nie postawi go przed Trybunałem Stanu. We wrześniu 2001 r. Sejm, większością głosów AWS i UW, zdecydował zaś o umorzeniu postępowania z wniosku posłów SLD o postawienie Milczanowskiego przed Trybunałem. W maju 2002 r. prokuratura postawiła Milczanowskiemu formalne zarzuty. "Oskarżenie mnie uważam za przejaw zemsty ze strony SLD" - mówił Milczanowski. Twierdził, że w całej sprawie działał zgodnie z prawem. "To była prowokacja, która wstrząsnęła Polską i wstrząsnęła mną" - tak zarzut komentował Oleksy. Wysłany w listopadzie 2002 r. akt oskarżenia początkowo trafił do Sądu Rejonowego dla Warszawy-Mokotowa, ale ten poprosił o przekazanie sprawy Sądowi Okręgowemu, w którym orzekają bardziej doświadczeni sędziowie. Powodem przekazania sprawy było jej skomplikowanie oraz fakt, że będą zeznawać były premier i ministrowie. Ostatnio Oleksy wycofał dołączony do prokuratorskiego aktu oskarżenia własny, tzw. subsydiarny akt oskarżenia przeciw Milczanowskiemu, Jasikowi i pięciu funkcjonariuszom UOP ze sprawy. Oleksy zarzucał im, że wprowadzili w błąd prokuraturę wojskową, przekazując jej fałszywe informacje; że zniszczyli oryginalne nagrania rozmów operacyjnych z Ałganowem; że ujawnili Ałganowowi kryptonim "Olin". Oleksy uzasadniał wycofanie swego aktu oskarżenia "skoncentrowaniem się na głównym sprawcy, którym jest pan Milczanowski". Nie wiadomo oficjalnie, kto będzie świadkiem w procesie, bo ich lista też jest tajna. Trudno jednak przypuszczać, by nie zeznawali ówcześni oficerowie UOP, którzy prowadzili wtedy rozmowy z Ałganowem i innym oficerem wywiadu Rosji Grigorijem Jakimiszynem i opracowywali materiały sprawy. Chodzi m.in. o asa wywiadu PRL Mariana Zacharskiego, wówczas doradcę szefa UOP, ówczesnego wiceszefa MSW Henryka Jasika (szefa wywiadu PRL), szefa UOP Gromosława Czempińskiego (oficera wywiadu PRL), szefa wywiadu UOP Bogdana Liberę (oficera wywiadu PRL), szefa zarządu śledczego UOP Wiktora Fonfarę (oficera SB), a także ówczesnego szefa kontrwywiadu UOP, dziś posła PO Konstantego Miodowicza. Zacharski, Jasik, Fonfara i Libera zostali awansowani przez Wałęsę za udział w całej sprawie na stopnie generalskie.