Śledztwo jest prowadzone "w sprawie", a nie przeciw jakiejkolwiek osobie - poinformowała rzeczniczka Prokuratury Okręgowej w Warszawie Monika Lewandowska. - Zebrano już większość materiałów; w śledztwie przesłuchano kilkudziesięciu świadków, a przesłuchania dobiegają końca - powiedziała. Dodała, że prokurator czeka jeszcze na kopie akt z innego postępowania prokuratorskiego. Uchyliła się od odpowiedzi, czy może chodzić o toczące się w Prokuraturze Apelacyjnej w Warszawie śledztwo nt. domniemanego niedopełnienia obowiązków przy tworzeniu raportu oraz zniesławienia osób w nim opisanych. Także tamto śledztwo toczy się "w sprawie". Prokuratura wszczęła z urzędu śledztwo po licznych przeciekach do mediów. Podstawą postępowania jest artykuł Kodeksu karnego przewidujący karę od trzech miesięcy do pięciu lat więzienia dla tego, kto ujawnia lub wbrew przepisom ustawy wykorzystuje informacje stanowiące tajemnicę państwową. Czynności śledcze powierzono Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, w której kompetencjach leży m.in. "rozpoznawanie, zapobieganie i wykrywanie przestępstw naruszenia tajemnicy państwowej". Według orzecznictwa Sądu Najwyższego przestępstwo to popełnia nie tylko urzędnik, który udostępnia tajemnicę mediom, ale także dziennikarz, który ją publikuje. Taką uchwałę SN z 2009 r. krytykowało środowisko dziennikarskie, bo wcześniej utrwalił się pogląd, że za takie przestępstwo odpowiadają tylko urzędnicy, którzy dokonują pierwotnego ujawnienia. Śledztwo w sprawie "przecieków" do mediów informacji z procesu weryfikacji WSI zapowiedział w styczniu 2007 r. ówczesny prokurator krajowy Janusz Kaczmarek. Rozpoczęte jesienią 2006 r. przecieki do mediów dotyczyły m.in. związków z WSI m.in. Andrzeja Grajewskiego (b. szefa Kolegium IPN), b. ambasadora w Indiach Krzysztofa Mroziewicza oraz zwerbowanych przez tajne służby wojska PRL Milana Suboticia z TVN i Piotra Nurowskiego z Polsatu. Zaprzeczali oni współpracy z WSI - niektórzy jak np. Nurowski (zginął w katastrofie smoleńskiej) wygrali procesy z MON za opisanie ich potem w raporcie. Politycy mówili wtedy, że źle się stało, iż wycieki nastąpiły jeszcze przed ujawnieniem raportu z weryfikacji WSI. Ówczesny szef Służby Kontrwywiadu Wojskowego i szef Komisji Weryfikacyjnej WSI Antoni Macierewicz nazywał przecieki "skandalicznymi". Dodawał, że "może zagwarantować, iż takie informacje nigdy nie wypłynęły i nie wypłyną ze służb i instytucji, za które jest odpowiedzialny". Według ówczesnego szefa Kancelarii Prezydenta Aleksandra Szczygły, "jeżeli przecieku dokonał funkcjonariusz publiczny, to powinien ponieść konsekwencje i odpowiedzialność karną". WSI - powołanym w 1991 r., a rozwiązanym jesienią 2006 r. przez rząd PiS - zarzucano wiele nieprawidłowości, m.in. brak weryfikacji z PRL, tolerowanie szpiegostwa na rzecz Rosji, udział w aferze FOZZ, nielegalny handel bronią, dziką lustrację b. wiceszefa ABW. Opisano je w ujawnionym w lutym 2007 r. przez prezydenta Kaczyńskiego raporcie sygnowanym przez Macierewicza. Na podstawie raportu wszczęto kilka śledztw w sprawie przestępstw WSI; prowadzą je różne prokuratury - nie wiadomo, jak są zaawansowane. Nie ma żadnego wyroku skazującego - podkreślał wiele razy jeden z ostatnich szefów WSI gen. Marek Dukaczewski. 24-osobowa komisja weryfikacyjna WSI skończyła pracę z końcem czerwca 2008 r. Ujawnienie raportu nie oznaczało zniesienie klauzul tajności z akt WSI nt. poszczególnych osób. Sądy cywilne prowadzące procesy wobec MON przez osoby opisane w raporcie jako agenci WSI umieszczają takie dokumenty w kancelariach tajnych i utajniają rozprawy, gdy te źródłowe dokumenty są omawiane.