We wniosku, z którym zapoznała się PAP, podkreślono, że "gwarantem właściwego pełnienia funkcji przez IPN jest sposób jego usytuowania w strukturze instytucji publicznych, w szczególności poprzez zapewnienie niezależności władz Instytutu". "Kwestionowana ustawa dokonuje szeregu zmian w przepisach konstytuujących Instytut, w tym budzących wątpliwość co do zgodności z Konstytucją: podważa niezależność Instytutu Pamięci Narodowej (art. 2 i art. 73 Konstytucji), narusza prawa obywateli do prywatności, ochrony danych osobowych oraz dostępu do służby publicznej na jednakowych zasadach (art. 47, art. 51, art. 60 Konstytucji), a także jest niezgodna z zasadami przyzwoitej legislacji, w szczególności godzi w zasadę zaufania obywateli do państwa i stanowionego przez niego prawa, zasady pewności oraz określoności prawa (art. 2 Konstytucji)" - napisano we wniosku. We wniosku oceniono, że parlament powinien kierować się nie tylko tym, jak ma funkcjonować określona instytucja, ale też tym "co należy uznać za cel nadrzędny jej istnienia". Tymczasem - zdaniem PiS - nowela "podważa dotychczasowy cel istnienia IPN". Uznano, że IPN pełni dwie funkcje: prokuratorsko-lustracyjną oraz naukowo-badawczą i edukacyjną i obie te sfery aktywności "wpływają na jego szczególną pozycję ustrojową oraz uzasadniają postulat możliwie silnego uniezależnienia Instytutu od innych organów władzy państwowej, a tym bardziej wpływu czynników politycznych tak na długofalowe, jak i bieżące działania tej instytucji". Tymczasem nowela - podkreśla PiS - ogranicza niezależność prezesa IPN, a tym samym zmienia pozycję ustrojową IPN, co - argumentują wnioskodawcy - podważa niezależność Instytutu w działaniach prokuratorskich i lustracyjnych oraz w działaniach naukowych i badawczych. W ocenie PiS ograniczenie niezależności prezesa IPN jest spowodowane zmianą większości potrzebnej w Sejmie do jego powołania lub odwołania (z większość 3/5 głosów na zwykłą większość) oraz wprowadzeniem przepisów, które powodują, że prezes IPN podlega corocznej weryfikacji przez Radą Instytutu (musi jej składać sprawozdanie). "Ograniczenie niezależności Instytutu, w zakresie w jakim wpływa na niezależność działań prokuratorskich i lustracyjnych (...) narusza ustanowioną w art. 2 Konstytucji zasadę demokratycznego państwa prawnego" - napisano we wniosku. "Kompetencja Sejmu do powoływania i odwoływania prezesa IPN zwykłą większością głosów uzależnia go od woli politycznej aktualnej większości parlamentarnej, poddaje w ten sposób w wątpliwość jego niezależność, a więc w konsekwencji także możliwość podejmowania określonych działań, dla których instytucja ta została powołana" - argumentują wnioskodawcy. Z kolei ograniczenie niezależności IPN w zakresie badań naukowych - zdaniem PiS - "narusza ustanowioną w art. 73 konstytucji wolność prowadzenia badań naukowych oraz ogłaszania ich wyników, a także wolność nauczania". "Uzależnienie prezesa IPN od woli większości parlamentarnej w sposób niemal nieuchronny musi ograniczyć możliwość prowadzenia swobodnych badań naukowych, eliminując z nich wszystko to, co z takich bądź innych racji politycznych może nie odpowiadać politycznym sympatiom czy interesom dominujących w parlamencie ugrupowań" - napisano. PiS kwestionuje także - jako niezgodny z zasadą demokratycznego państwa prawa - przepis noweli zobowiązujący prezesa IPN do przedstawiania Radzie Instytutu corocznego sprawozdania oraz umożliwiający Radzie - w wypadku odrzucenia sprawozdania - zwrócenie się do Sejmu o odwołanie prezesa.