Kownacki od sierpnia pełnił obowiązki szefa Kancelarii po tym, jak do dymisji podała się Anna Fotyga. Pracę w Kancelarii Prezydenta Kownacki rozpoczął w lipcu tego roku zastępując na stanowisku jej wiceszefa Roberta Drabę. Kownacki (ur. 1954 r.) jest absolwentem Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego; specjalistą w dziedzinie prawa konstytucyjnego i państwowego. Specjalizował się w zagadnieniach ustroju organów terenowych. Od 1979 r. pracownik Instytutu Państwa i Prawa PAN. Później pracował w biurze prasowym Kancelarii Sejmu, biurze Trybunału Konstytucyjnego i biurze Pełnomocnika Rządu ds. Reformy Samorządu Terytorialnego. W 1991 roku był przez kilka miesięcy podsekretarzem stanu w Urzędzie Rady Ministrów. Od lipca tego samego roku wiceprezes NIK. Po tragicznej śmierci prezesa NIK Waleriana Pańki w wypadku, od października 1991 r. był przez kilka miesięcy p.o. prezesem NIK. W 1992 roku zastąpił go nowo wybrany prezes NIK Lech Kaczyński. Kownacki był wiceprezesem NIK do sierpnia 1999 roku, kiedy odszedł na stanowisko wiceprezesa Banku Ochrony Środowiska. W BOŚ był odpowiedzialny za akcję kredytową, w tym za strategię biznesową banku w tym obszarze, nadzór nad kredytami preferencyjnymi i rynkowymi i nadzór nad działalnością w zakresie kredytów konsorcjalnych. Brał udział w pracach komitetu kredytowego banku. 1 września 2001 r. Kownacki wrócił do NIK na stanowisko wiceprezesa; pracował tam do października 2006 r., kiedy przeszedł do zarządu PKN Orlen. Jako wiceprezes płockiego koncernu odpowiadał za sprawy audytu i regulacji. 18 stycznia 2007 r. Rada Nadzorcza wybrała go na prezesa tej spółki. Zastąpił na tym stanowisku Igora Chalupca. Ówczesny premier Jarosław Kaczyński uzasadniał wtedy, że zmiana na stanowisku prezesa PKN Orlen wynika z konieczności zapewnienia bezpieczeństwa energetycznego państwa. W końcu lutego 2008 r. Kownacki został bezterminowo zawieszony przez radę nadzorczą płockiego koncernu na stanowisku prezesa. Rada ogłosiła wtedy w komunikacie, że decyzja taka zapadła z powodu "samodzielnego, bez uzgodnienia z zarządem spółki, podejmowania przez prezesa działań, prowadzących do istotnego pogorszenia wizerunku spółki, polegających na składaniu oświadczeń mających charakter polityczny, wciągających spółkę w bieżące spory polityczne, a także dyskredytujących w nieuzasadniony sposób radę nadzorczą". Kilka dni wcześniej Kownacki mówił, że przed posiedzeniem rady nadzorczej Polkomtela, w którym PKN Orlen ma 19,61 proc. akcji, zadzwonił do niego minister Skarbu Państwa Aleksander Grad i miał mu powiedzieć, by głosował za odwołaniem prezesa tego operatora Adama Glapińskiego. Minister Grad przyznał, że rozmawiał z Kownackim, ale zapewnił, iż nie wywierał żadnego nacisku. Dodał także, że jego wypowiedź traktuje, jak wypowiedź polityka. W marcu rada nadzorcza PKN Orlen ogłosiła konkurs i w kwietniu wybrała Wojciecha Heydela na prezesa spółki w nowej kadencji.