Zdaniem warszawskiej prokuratury oskarżeni o współudział w zbrodni Ryszard Bogucki i Andrzej Z. ps. "Słowik" powinni zostać skazani odpowiednio na 15 i 8 lat więzienia. Mężczyźni nie przyznają się do winy. To właśnie wersja warszawska wskazuje na winę Boguckiego i "Słowika" i utrzymuje, że było to morderstwo na zlecenie. "Słowik", dawny boss "Pruszkowa" miał oferować płatnemu zabójcy Arturowi Zirajewskiemu (ps. "Iwan") 40 tys. dolarów za zabicie komendanta. Bogucki - zgodnie z wersją prokuratury warszawskiej - miał nakłaniać do zabójstwa Papały Zbigniewa G. i oferować mu 30 tys. dolarów. Za zlecenie zabójstwa miał odpowiadać polonijny biznesmen Edward Mazur, który nie jest sądzony, ponieważ Stany Zjednoczone odmówiły jego ekstradycji. "Prozaiczny motyw" Łódzka prokuratura uważa z kolei, że motyw zbrodni był prozaiczny: byłego komendanta głównego policji zabili złodzieje, którzy chcieli ukraść mu auto (daewoo espero). Śmiertelny strzał miał oddać Igor M. (wcześniej Igor Ł.), ps. "Patyk". Ta wersja została oparta na zeznaniach świadka koronnego Roberta P., związanego niegdyś z grupą "Patyka". Robert P.w dniu zabójstwa miał stać przed blokiem generała. Gdyby rzeczywiście tam był, musiałby zobaczyć, jak gen. Papała wjeżdżał około godz. 22 na parking i jak jego żona wyprowadza psa na spacer. Te informacje nie pojawiły się w jego zeznaniach. Egzekucja przed blokiem Gen. Marek Papała został zastrzelony w Warszawie 25 czerwca 1998 r. w samochodzie przed blokiem, w którym mieszkał. Jego ciało znalazła żona, która wyszła na spacer z psem. "Mord był szokujący i zuchwały. (...) Rozwiązanie zagadki śmierci generała okazało się niezwykle trudne" - czytamy w "Rzeczpospolitej".