Dominikanin został oskarżony przez IPN o to, że był agentem SB informującym o Karolu Wojtyle. Ojciec Hejmo długo zaprzeczał tym informacjom. W końcu nie wykluczył, że mógł przekazywać informacje nieświadomie. W wyniku badań dotyczących inwigilacji polskiego Kościoła katolickiego ustalono, że w zasobach Instytutu Pamięci Narodowej znajdują się dokumenty wskazujące, iż ojciec Hejmo w latach 80. był tajnym współpracownikiem organów bezpieczeństwa PRL o pseudonimach "Hejnał" i "Dominik". IPN wykluczył, by akta te były sfałszowane.