Prokuratura zarzuca jej członkom nieprawidłowości przy zwrocie Kościołowi ziemi za mienie zagarnięte w czasach PRL. Przed sądem ma stanąć dziewięć osób, które w sumie mogły narazić Skarb Państwa na utratę kilkudziesięciu milionów złotych. Komisja Majątkowa od 1989 roku zajmowała się zwrotem i przekazaniem Kościołowi majątku odebranego przez władze PRL. W ciągu ponad 20 lat działalności, przekazała duchownym majątek o wartości około 5 miliardów złotych. Została zlikwidowana w marcu 2011 roku.