Na ławie oskarżonych zasiedli Andrzej B. i Andrzej S. W sierpniu 2005 r. Prokuratura Okręgowa w Warszawie oskarżyła ich m.in. o poświadczenie nieprawdy w dokumencie urzędowym - za co grozi od 3 miesięcy do 5 lat więzienia. W 2005 r. sejmowa Komisja ds. Służb Specjalnych wykryła, że od marca 2003 r. do końca pracy w Agencji Wywiadu w 2004 r. Siemiątkowski posługiwał się sfałszowanym certyfikatem bezpieczeństwa, dopuszczającym do ściśle tajnych informacji. W marcu tamtego roku sejmowa komisja śledcza ds. PKN Orlen wysłała zawiadomienie o przestępstwie. Posłowie zarzucali w nim przestępstwo Siemiątkowskiemu oraz b. dyrektorowi biura ochrony AW Andrzejowi B. W zawiadomieniu napisano, że B. w 2003 r. przekroczył uprawnienia, wystawiając Siemiątkowskiemu certyfikat bezpieczeństwa bez dodatkowego postępowania sprawdzającego. Według posłów, B. sfałszował też datę wystawienia tego dokumentu - marzec 2003 - podczas gdy faktycznie wystawił je w sierpniu. Sam Siemiątkowski mówił, że nie popełnił przestępstwa i że nie miał świadomości, by doszło do jakichś nieprawidłowości. Jak dowiedziała się PAP w źródłach sądowych, rozpoczęcie procesu odwlekało się, gdyż sąd nakazał prokuraturze odtajnienie zarzutów stawianych oskarżonym i w tym celu zwrócił jej sprawę. Tajność zarzutów powodowałaby, że sąd nie mógłby jawnie ogłosić sentencji wyroku - a jest to bezwzględnym wymogiem prawa. Proces jest tajny, bo odtajniono tylko zarzuty, a nie samą sprawę. 1 sierpnia Siemiątkowski został uniewinniony przez płocki sąd z zarzutu ujawnienia tajemnicy państwowej przez "przeciek" do działaczki SLD tajnych informacji. Zarazem został skazany na rok więzienia w zawieszeniu za przechowywanie tajnych dokumentów. W maju tego roku przed Sądem Okręgowym w Warszawie ruszył tajny proces Siemiątkowskiego, oskarżonego o bezprawne posiadanie tajnych notatek, sporządzonych w 2003 r. po rozmowie z Janem Kulczykiem o spotkaniu tego biznesmena z Władimirem Ałganowem. B. szefowi AW grozi do trzech lat więzienia. Nie przyznaje się do winy. W październiku 2005 r. Prokuratura Okręgowa w Katowicach postawiła Siemiątkowskiemu zarzuty przekroczenia uprawnień p.o. szefa UOP w związku z zatrzymaniem w 2002 r. ówczesnego szefa PKN Orlen Andrzeja Modrzejewskiego. Grozi za to do 5 lat więzienia. W kolejnych ekipach rządowych SLD Siemiątkowski był m.in. szefem MSW, koordynatorem służb specjalnych, szefem UOP, szefem AW; ponadto był posłem SLD. Obecnie wycofał się z polityki, jest wykładowcą na Uniwersytecie Warszawskim.