O ujawnienie wydatków fundacji z publicznych pieniędzy wystąpiło stowarzyszenie Watchdog, a cała sprawa toczy się już od 2016 r. Prokuratura najpierw odmówiła wszczęcia postępowania w tej sprawie, a potem dwukrotnie je umorzyła. Stowarzyszenie złożyło więc do sądu subsydiarny akt oskarżenia, którym objęty został zarząd fundacji - prezes o. Tadeusz Rydzyk oraz o. Jan Król i Lidia Kochanowicz-Mańk. Proces miał ruszyć 9 kwietnia, jednak na sali sądowej nie stawił się żaden z trzech oskarżonych. Następny termin rozprawy wyznaczono na 29 kwietnia. Apel do wiernych "Od kilku lat jesteśmy też nękani przez Sieć Obywatelską Watchdog Polska. Stowarzyszenie, które jest finansowane przez organizację spoza Polski. Za atakami na Radio Maryja stoją organizacje niesprzyjające Kościołowi, a nawet antyewangelizacyjne" - napisał na stronie radiomaryja.pl o. Tadeusz Rydzyk, na dzień przed rozpoczęciem procesu. Jak twierdzi duchowny, Radio jest nękane przez stowarzyszenie Watchdog. "Dążą do zamknięcia nam ust, czego dowodem jest zażądanie przejęcia tzw. zabezpieczenia naszych komputerów, telefonów, wszystkiego. Byłoby to całkowite zablokowanie naszej działalności na długie miesiące. Chodzi zatem o zlikwidowanie Radia Maryja i dzieł, które z niego wyrosły. Po raz kolejny doświadczamy, że jesteśmy prześladowani" - pisze o. Rydzyk. Duchowny zaznacza, że on, jak i inni redemptoryści, nie pobiera żadnej pensji i od 30 lat "bezinteresownie służy Polsce". Na koniec o. Rydzyk wychodzi z apelem do katolików. "Zadbajmy o Polskę" - pisze. I dodaje: "Nie rozumiem, dlaczego mamy się tłumaczyć siłom spoza Polski. Może odpowiedzieliby na to rządzący? Możemy pisać do rządzących z prośbą o wyjaśnienia, o co tu chodzi, na jakiej podstawie podejmowane są takie działania. Proszę katolickich posłów, senatorów, profesorów, prawników, wszystkich zwykłych ludzi, aby zaczęli działać." Stowarzyszenie patrzy na ręce Pełnomocnik stowarzyszenia Watchdog mec. Adam Kuczyński podkreślał jakiś czas temu, że organizacja, którą reprezentuje, "patrzy na ręce" różnym podmiotom. Podkreślał ponadto, że prawo do informacji publicznej zostało zagwarantowane w ustawie zasadniczej. "To nie jawność życia publicznego, tylko prawa konkretnych osób są naruszane przez nieudostępnianie informacji publicznej" - mówił. Podkreślił, że do czynu zarzuconego zarządowi fundacji doszło, a postępowanie powinno toczyć się dalej. W akcie oskarżenia powołano się na art. 23 Ustawy o dostępie do informacji publicznej, zgodnie z którym jeśli ktoś wbrew ciążącemu na nim obowiązkowi nie udostępnia informacji publicznej, podlega on grzywnie, karze ograniczenia wolności albo pozbawienia wolności do roku. Przepis ten powiązano jednocześnie z przepisem Kodeksu karnego mówiącym o niedopełnieniu obowiązków przez funkcjonariusza publicznego, obarczonym karą do 10 lat pozbawienia wolności.