30 stycznia Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wstrzymał połączenie dwóch gdańskich placówek do czasu prawomocnego rozpoznania zażaleń na tę decyzję resortu kultury, które złożyli dyrekcja Muzeum II Wojny Światowej i Rzecznik Praw Obywatelskich. NSA uwzględniając zażalenie ministra kultury na decyzję WSA, uznał jednocześnie, że sądy administracyjne nie są właściwe do rozpoznania tej sprawy. Jak poinformował NSA w komunikacie, w swoim środowym postanowieniu, uwzględniającym zażalenie ministra kultury, NSA "uznał, że w rozpoznawanej sprawie (...) wyłączona jest kognicja sądów administracyjnych". We wrześniu 2016 r. minister kultury wydał rozporządzenie, w myśl którego Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku miało zostać połączone z gdańskim Muzeum Westerplatte i Wojny 1939, a w wyniku tego miałaby zostać utworzona państwowa instytucja kultury - Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku. Resort uzasadniał tę decyzję względami "organizacyjnymi, finansowymi i merytorycznymi". Wskazywał, że oba muzea mają "zbliżony profil działalności, a ich połączenie pozwoli zoptymalizować koszty przeznaczane z budżetu państwa na ich funkcjonowanie oraz zwiększyć potencjał rozwojowy, a tym samym wzmocnić ich pozycję na muzealnej mapie Polski i świata". Skarżący do WSA decyzję o połączeniu obu muzeów zarzucali MKiDN m.in., że podjęło ono decyzję bez koniecznej - ich zdaniem - konsultacji z Radą ds. Muzeów. Dyrekcja Muzeum II Wojny Światowej i RPO zwracali też uwagę, że część osób, które przekazały MIIWŚ swoje rodzinne pamiątki po zapowiedzi połączenia placówek nosi się z zamiarem ich odebrania, a miasto Gdańsk zapowiedziało, że może wystąpić do sądu o cofnięcie darowizny działki, na której powstało muzeum. Składając do WSA skargi, wnieśli jednocześnie o wstrzymanie wykonania decyzji o połączeniu placówek do czasu rozpatrzenia przez WSA meritum sprawy. WSA przychylił się do tego wniosku i 30 stycznia wstrzymał wykonanie decyzji resortu. Od tego postanowienia odwołało się ministerstwo kultury.