Od tej zbrodni minęło już 20 lat i nadal nie wiadomo, kto odpowiada za śmierć księdza. Przed morderstwem kapłana przez pięć dni prawdopodobnie więziono i torturowano go na terenie bazy wojsk sowieckich koło Kazunia. Prokurator Andrzej Witkowski, który w latach 90. oraz 2003-2004 prowadził śledztwo, był dwukrotnie odsuwany od sprawy po tym, jak udawało mu się zebrać nowy materiał dowodowy. Obecnie śledztwo jest nadal prowadzone przez prokuratorów IPN. Jednak to Witkowskiemu udało się ustalić wiele nowych faktów dotyczących przebiegu zdarzeń. W sposób fundamentalny podważają one całą dotychczasową wiedzę na temat zamordowania ks. Jerzego. Oficjalna wersja śmierci ks. Popiełuszki była wersją skonstruowaną przez aparat władzy w PRL - czytamy w dzienniku "Polska". Poza nękaniem księdza przez podrzucenie mu nielegalnej literatury i amunicji do prywatnego mieszkania znacznie ważniejsze było ulokowanie informatora w bezpośrednim otoczeniu kapłana. W lutym 1984 r. funkcjonariuszom SB udało się zarejestrować jako "Desperata" osobistego kierowcę Popiełuszki - Waldemara Chrostowskiego. "Desperat" mógł dostarczać SB świeże informacje o działalności księdza oraz pomóc w realizacji strategicznego planu, jakim był werbunek kapłana. Pomysł zwerbowania ks. Popiełuszki - jako informatora SB - pojawił się wiosną 1984 r. Latem 1984 r. gen. Kiszczak uznał, że inną koncepcją rozwiązania problemu księdza Jerzego było wysłanie go za granicę. Optymalnym rozwiązaniem byłoby połączenie werbunku z równoczesnym wysłaniem księdza na studia do Rzymu. Nieważne, czy Popiełuszko miałby dostęp do Jana Pawła II i jego otoczenia. Do tej pory KGB nie miało wartościowej agentury w Watykanie. Czesław Kiszczak mógłby więc pochwalić się swym sukcesem przed towarzyszami radzieckimi, a to niewątpliwie umacniałoby jego pozycję na Kremlu. Kiszczak przedstawił pomysł wysłania Popiełuszki do Rzymu Bronisławowi Dąbrowskiemu, a ten przekazał go prymasowi Józefowi Glempowi. Z biegiem czasu prymas sam zaczął rozważać takie posunięcie. Popiełuszko nie chciał jechać. Polskie MSW nie chciało zabić księdza. Celem było zwerbowanie kapłana i wysłanie go do Rzymu. Kiszczak dopuszczał w w działaniach werbunkowych doprowadzenie Popiełuszki do stanu "bliskości śmierci", ponieważ wiedział, że trudno będzie go złamać.