Zatrzymany przed miesiącem przez hamburską policję były senator był ścigany na podstawie ENA. Podczas rutynowej kontroli w niemieckim mieście Winsen funkcjonariusze sprawdzili go w Systemie Informacyjnym Schengen - wówczas okazało się, że Stokłosy poszukują polskie organa ścigania, które chcą mu postawić 22 zarzuty. Od 13 listopada, decyzją sądu w Winsen, Stokłosa przebywał w areszcie. W środę - jak powiedziało dobrze poinformowane źródło w polskim wymiarze sprawiedliwości - zapadła decyzja o przekazaniu biznesmena Polsce. Decyzja Ramowa Rady Europy mówi, że władze sądowe mają 10 dni od werdyktu sądu na przekazanie ściganego krajowi wnioskującemu. Oznacza to, że - o ile nie zajdą żadne nadzwyczajne okoliczności - Stokłosa będzie w kraju przed Nowym Rokiem. Prokuratura poszukiwała Stokłosy w związku z aferą w Ministerstwie Finansów. Podejrzewa, że b. senator (w latach 1989-2005) uzyskiwał nienależne wielomilionowe umorzenia podatkowe dzięki powiązaniom ze skorumpowanymi urzędnikami resortu finansów, a także sędzią z Poznania. Latem 2006 r. zabezpieczono dokumenty finansowe firm Stokłosy. W grudniu 2006 r. zarzut korupcji przedstawiono doradcy prawnemu biznesmena, 67-letniemu Marianowi J. Zatrzymano też dyrektor finansową jego firmy. W lutym wystawiono międzynarodowy list gończy za byłym senatorem, a w sierpniu prokuratura wystawiła Europejski Nakaz Aresztowania. Zabezpieczono też majątek b. senatora o wartości ok. 20,7 mln zł, w tym nieruchomości i ruchomości. Mienie to pokrywa domniemane straty, wynikające ze stawianych mu zarzutów. Jego obrońcą był swego czasu prof. , który wypowiedział pełnomocnictwo i został skreślony z listy adwokatów jeszcze zanim został ministrem sprawiedliwości. Jednak opozycja wciąż uważa, że cała ta sytuacja powoduje konflikt interesów u szefa tego resortu, który jest także prokuratorem generalnym. Stokłosa w 1980 r. założył rzemieślniczą firmę utylizacji odpadów rolno-hodowlanych Farmutil, dzięki której dorobił się znacznego majątku. Zespół firm Stokłosy obejmuje przetwórnie przemysłu rolno- spożywczego, ale także lokalną prasę i radio oraz sieci handlowe. W roku 2007 r. Stokłosa - z majątkiem wycenianym na 750 mln zł - uplasował się na 33. miejscu na liście najbogatszych Polaków tygodnika "Wprost" (rok wcześniej był 16.). Obrońcy Stokłosy ubiegali się o wydanie mu listu żelaznego. Pierwszy wniosek jeszcze w czerwcu został odrzucony przez warszawski sąd okręgowy. Kolejny miał być rozpatrzony pod koniec listopada - obrońcy mieli uprawdopodobnić, że przebywa za granicą. W obecnej sytuacji posiedzenie sądu w sprawie listu żelaznego będzie już bezprzedmiotowe.