Poinformowała o tym w środę PAP prok. Katarzyna Calów-Jaszewska z Prokuratury Okręgowej w Warszawie. O rzekomych przestępstwach Kwiatkowskiego zawiadomił prokuraturę b. szef delegatury NIK w Szczecinie. Miało to polegać na poświadczeniu nieprawdy w sprawozdaniu z działalności NIK za 2013 rok oraz na niepowiadomieniu organów ścigania o rzekomym przestępstwie niegospodarności, do jakiej miało dojść w Ministerstwie Rolnictwa. Jak podawały media, prezes NIK miał poświadczyć nieprawdę, twierdząc, że z jednej z kontroli nie sporządzono raportu, podczas gdy raport taki został opracowany i podpisany przez ówczesnego dyrektora delegatury NIK w Szczecinie - dotyczył ministra rolnictwa Marka Sawickiego, który miał tolerować, iż pracownicy ministerstwa dorabiali sobie za pieniądze unijne. Media twierdziły, że dzięki Kwiatkowskiemu minister uniknął tłumaczenia się z wykrytych nieprawidłowości, bo raport krytycznie oceniający jego działania nie trafił do sejmowej komisji. Po postępowaniu sprawdzającym prokuratura odmówiła wszczęcia śledztwa. Decyzja jest nieprawomocna. Jak podała Calów-Jaszewska, prokuratura uznała że brak jest podstaw do uznania, by Kwiatkowski świadomie podał nieprawdę (co jest warunkiem takiego przestępstwa), bo "najważniejsze informacje o nieprawidłowościach były w sprawozdaniu, gdzie przytoczono najważniejsze ustalenia kontroli". W wątku niepowiadomienia o przestępstwie niegospodarności prokuratura podkreśliła, że ustalenia kontroli NIK nie dały podstaw do uznania by doszło do takiej niegospodarności. Wobec czego, według prokuratury, prezes nie miał podstaw by złożyć zawiadomienie w tej sprawie. Prokuratura Apelacyjna w Katowicach chce postawić Kwiatkowskiemu zarzut przekroczenia uprawnień przy organizacji konkursów na szefów delegatury NIK w Rzeszowie i w Łodzi, a także wicedyrektora departamentu środowiska w NIK. Skierowany do Sejmu wniosek prokuratury o uchylenie immunitetu szefowi NIK stał się bezprzedmiotowy po tym, gdy sejmowa komisja zaczęła prace nad wnioskiem o postawienie Kwiatkowskiego przed Trybunałem Stanu. Zdaniem części posłów prokuratura nie powinna była występować o uchylenie immunitetu, tylko zawiadomić, że jest podstawa do pociągnięcia Kwiatkowskiego do odpowiedzialności konstytucyjnej. Prezes NIK za naruszenie konstytucji lub ustawy w związku z zajmowanym stanowiskiem lub w zakresie swego urzędowania ponosi odpowiedzialność konstytucyjną przed Trybunałem Stanu. Prokuratura twierdzi, że w przypadku Kwiatkowskiego zastosowała odpowiedni tryb. Prokuratura chce postawić mu zarzuty z art. 231 Kodeksu karnego, czyli przekroczenia uprawnień - co jest zagrożone karą do trzech lat więzienia. W końcu września Kwiatkowski powrócił do wykonywania konstytucyjnych obowiązków, z czego wyłączył się w końcu sierpnia - gdy pojawiła się sprawa zarzutów prokuratury. Wyraził przekonanie, że uda mu się obalić zarzuty i udowodnić niewinność. Uznał, że wniosek prokuratury o uchylenie mu immunitetu "czyta się jak artykuł słabego tabloidu". Swój powrót do obowiązków w NIK uzasadnił tym, że "Najwyższa Izba Kontroli prowadzi wiele niezwykle istotnych z punktu widzenia polskiej racji stanu kontroli, stąd niezbędne jest, by wróciła do niej normalność".