W rozmowie z dziennikarzami Nałęcz zaznaczył, że wykonuje również polecenia Bronisława Komorowskiego, "najpoważniejsze, a zarazem najsmutniejsze". Poinformował, że będzie np. reprezentował prezydenta na pogrzebie profesora Gerarda Labudy, którego prezydent odznaczył Orderem Orła Białego. Nałęcz podkreślił też, że jest w tej wyjątkowej, bardzo wygodnej sytuacji, że doradza prezydentowi w sprawach, na których Bronisław Komorowski świetnie się zna. - Prezydent jest nie tylko z wykształcenia historykiem, ale czynnie historię uprawiał, badał, publikował, więc pomagam prezydentowi w sprawach, które on sam merytorycznie rozstrzyga - podkreślił profesor. Jak dodał, Komorowski przywiązuje duże znaczenie do tego, żeby bieżącą politykę, "zdecydowany kurs na modernizację łączyć jednak z takimi kotwicami pamięci". - Bo społeczeństwo jest jak drzewo, to co jest dzisiaj, to jest korona, ale ważne są też te korzenie - zauważył. Nałęcz jest historykiem; w latach 1993-97 był posłem Unii Pracy. W 2001 roku dostał się do Sejmu z listy SLD-UP. Był przewodniczącym pierwszej sejmowej komisji śledczej, która badała aferę Rywina. W kwietniu 2004 r. przeszedł do SdPl, założonej przez Marka Borowskiego. W czerwcu 2005 roku został szefem sztabu wyborczego Borowskiego, który był kandydatem na prezydenta. W lipcu zrezygnował z zasiadania we władzach Socjaldemokracji Polskiej i kandydowania do Sejmu. Uważał, że Borowski powinien wycofać się z kandydowania i poprzeć Włodzimierza Cimoszewicza. W sierpniu Nałęcz został rzecznikiem sztabu Cimoszewicza. Został za to wykluczony z SdPl. Po wyborach prezydenckich w 2005 roku poświęcił się pracy naukowej na Uniwersytecie Warszawskim. W 2009 roku bezskutecznie ubiegał się o mandat w Parlamencie Europejskim z listy Porozumienia dla Przyszłości, które skupiało PD, SdPl oraz Zielonych 2004. W lipcu ponownie został członkiem SdPl. W grudniu ub.roku zadeklarował ubieganie się w 2010 r. o urząd prezydenta z ramienia Partii Demokratycznej i SdPl, jednak w kwietniu wycofał się z udziału w wyborach. Przed drugą turą udzielił poparcia Komorowskiemu. W Kancelarii Prezydenta pracuje już pięciu ministrów - Jacek Michałowski (szef Kancelarii Prezydenta), Krzysztof Łaszkiewicz (odpowiedzialny za sprawy prawno-ustrojowe), Dariusz Młotkiewicz (odpowiedzialny za logistykę i finanse), Sławomir Nowak (odpowiedzialny za kontakty z rządem i parlamentem) i Jaromir Sokołowski (odpowiedzialny za sprawy zagraniczne). Doradcą prezydenta ds. medialnych został Jerzy Smoliński. Jak mówił, będzie odpowiedzialny m.in. za wizerunek prezydenta. Będzie mu także doradzał w sprawach rynku medialnego w Polsce. Komorowskiemu mają także doradzać: prof. Roman Kuźniar (sprawy zagraniczne) oraz prof. Tomasz Borecki (sprawy wsi). Społecznymi doradcami prezydenta ds. samorządu zostali: profesorowie: Michał Kulesza, Jerzy Regulski i Paweł Swianiewicz oraz dr Jarosław Neneman.