W ciągu siedmiu lat mają zostać zmodernizowane ekspozycje: Domu Śląskiego, Murów Obronnych, pałacu Krzysztofory, Apteki pod Orłem, Wieży Ratuszowej, Oddziału Teatralnego w Domu pod Krzyżem, Domu Zwierzynieckiego, Starej Synagogi oraz Muzeum Nowej Huty. Część projektów jest już gotowa do realizacji. W Domu Śląskim, mieszczącym cele aresztu gestapo już trwa remont. Odnowiony oddział zacznie ponownie działać na wiosnę. Miejsce przy ul. Pomorskiej stanie się uzupełnieniem ekspozycji "Kraków - czas okupacji 1939-1945", otwartej w zeszłym roku w Fabryce Schindlera. Następna w kolejce jest Apteka pod Orłem, miejsce trwale wpisane w historię krakowskiego getta. Prace mają się zakończyć w marcu przyszłego roku. Na podobnym etapie jest multimedialna opowieść o funkcjach obronnych Krakowa i o jego mieszkańcach, którzy sami zobowiązani byli strzec bram - to pomysł na szlak obronności miasta, śladami miejskich murów, Barbakanu i Celestatu (siedziby Bractwa Kurkowego). Muzeum chce, aby w 2013 r., strzelając z wirtualnej broni, można było poczuć się jak obrońca grodu.