W styczniu 2009 roku łódzki sąd okręgowy skazał Pęczaka na karę czterech lat bezwzględnego więzienia. Prokuratura, która odwołała się od tego wyroku, domagała się dla oskarżonego sześciu lat więzienia. Według prokuratury, w wyniku działalności oskarżonych w latach 1999-2000 Fundusz stracił ponad 42 mln zł. Zarzuty im przedstawione dotyczyły m.in. zakupu akcji Banku Częstochowa, udzielenia dwóch pożyczek na zakład utylizacji odpadów poubojowych w Zgierzu należącego do rodziny "króla żelatyny" Kazimierza Grabka oraz udzielenia pożyczki i kupno akcji firmy odzieżowej Pilica w Tomaszowie Mazowieckim. W środę Sąd Apelacyjny zmniejszył również kary dla większości z pozostałych oskarżonych. Utrzymał też w mocy wyroki uniewinniające wobec tych osób, które zostały uniewinnione przez sąd pierwszej instancji. Wśród nich jest też b. marszałek województwa łódzkiego Waldemar Matusewicz. W uzasadnieniu środowego wyroku zwrócono uwagę, że złagodzenie kary wynikało jedynie ze zmiany przepisów. Sąd Apelacyjny nie uznał, że zachowania oskarżonych były "mniej naganne niż to, które m.in. opisał sąd pierwszej instancji". Sąd Apelacyjny przypomniał, że w czerwcu ub. roku weszła w życie ustawa zmieniająca prawo. Obecnie "mienie znacznej wartości jest to mienie, które w czasie popełnienia czynu przekracza kwotę 200 tys. zł, a nie jak to było dotychczas kwotę 200-krotności najmniejszego miesięcznego wynagrodzenia. Do tej pory było to 152 tys. zł. Od ub. roku mienie wielkiej wartości jest to mienie przekraczające kwotę miliona złotych. Do tej pory było 760 tys. zł. Dlatego - jak mówiono w uzasadnieniu wyroku - wszędzie tam, gdzie szkoda wyrządzona przez oskarżonych nie przekraczała miliona złotych sąd musiał przyjąć, że ma do czynienia ze szkodą znacznej wartości. Oznacza to również, że grożąca za to przestępstwo kara jest mniejsza. "To musiało mieć wpływ na wymiar kary" - mówił sędzia referent. W styczniu 2009 roku łódzki sąd okręgowy skazał w sprawie niegospodarności w Wojewódzkim Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Łodzi kilkanaście osób, b. członków zarządu i rady nadzorczej Funduszu oraz spółki córki, na kary od 11 miesięcy do dwóch lat więzienia w zawieszeniu na pięć lat. Sąd uniewinnił pięć osób, w tym Matusewicza; wobec dwóch innych oskarżonych odstąpił od ukarania. W środę Sąd Apelacyjny zmniejszył te kary i wynoszą one od 10 miesięcy do roku i ośmiu miesięcy więzienia w zawieszeniu. Środowy wyrok jest prawomocny. Jak wyjaśniono wniesienie wniosku o kasację przysługuje jedynie Pęczakowi, który otrzymał karę bezwzględnego więzienia, a także prokuraturze, która może wnosić o kasację wyroków uniewinniających. Prokuratura nie wyklucza skorzystania z tej możliwości. To pierwszy prawomocny wyrok wobec Pęczaka. Przed sądem w Pabianicach toczy się proces, w którym jest on oskarżony o przyjęcie w sumie ponad 820 tys. zł korzyści majątkowych i osobistych od lobbysty Marka Dochnala i jego asystenta. W kolejnym procesie, przed sądem w Łodzi, Pęczak odpowiada m.in. za korupcję i pomoc w oszustwie. Pęczak, jako pierwszy poseł w III RP, trafił do aresztu w listopadzie 2004 r. W styczniu 2007 roku, po 25 miesiącach, wyszedł na wolność po wpłaceniu 400 tys. zł kaucji.