Ta historia rozpoczęła się w okupowanym Krakowie, który - jako Krakau - stawał się stolicą dopiero co proklamowanego Generalnego Gubernatorstwa dla okupowanych ziem polskich. Sam gubernator generalny, doktor Hans Frank, urzędował jeszcze w Łodzi, która wkrótce zostanie odłączona od GG i przyłączona do Rzeszy jako stolica jednej z trzech rejencji nowego okręgu Posen (Poznań), rychło przemianowanego na Wartheland (Kraj Warty). 3 listopada 1939 roku rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego profesor Tadeusz Lehr-Spławiński, który - realizując uchwałę Senatu UJ z 19 października - przygotowywał uczelnię do rozpoczęcia roku akademickiego 1939/1940, otrzymał pisemne wezwanie do gmachu byłego domu studenckiego przy ulicy Pomorskiej 2. Pismo nosiło nagłówek "Sicherheitspolizei-Einsatzkommando", a podpisał je niejaki Müller. Rektora UJ przyjął - jak później napisał profesor Lehr Spławiński - "młody, przystojny, choć niemiłej powierzchowności oficer policyjny". Zadał kilka pytań o sprawy uniwersytetu i zażądał, by rektor zwołał zebranie profesorów i wykładowców tej najstarszej polskiej uczelni. Zamierzał nań przedstawić krakowskim akademikom stosunek Rzeszy Niemieckiej i narodowego socjalizmu do spraw nauki i szkolnictwa wyższego. Zebranie rektor zwołał na godzinę 12:00 szóstego listopada. Wykład Sturmbannführera SS Ponad 160 profesorów, docentów, asystentów i lektorów Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz ciekawych niemieckiego stanowiska naukowców Akademii Górniczej stawiło się tego dnia w Collegium Novum UJ. Wielu na tę okazję ubrało najlepsze garnitury. I tylko nieliczni żywili jakieś obawy. Niektórych też zaniepokoił kordon policji otaczający Collegium Novum... W samo południe na salę wszedł młody oficer w stopniu Sturmbannführera (majora) SS, w którym profesor Lehr-Spławiński rozpoznał Müllera. Jego przemówienia nikt nie nagrywał, ani nie stenografował i dlatego w historiografii krąży kilka wersji wystąpienia tego gestapowca. Prawdopodobnie najbliższa prawdy jest ta, którą 24 października 1986 roku w tygodniku "Perspektywy" opublikowała Jolanta Adamska. Oto ona: "Moje panie i panowie! Przez to, że usiłowaliście pracować w zakładach oraz prowadzić egzaminy nie pytając nas o pozwolenie, przez to, że usiłowaliście otworzyć uniwersytet nie pytając nas o zgodę, daliście dowód, że nie orientujecie się w sytuacji, w jakiej uniwersytet znajduje się obecnie i to co najmniej do końca wojny. Wasze usiłowania prowadzenia egzaminów i otwarcia uniwersytetu są aktem złośliwym i wrogim wobec Rzeszy Niemieckiej. Zresztą Uniwersytet Jagielloński był zawsze centrum propagandy antyniemieckiej. Uważajcie się za aresztowanych. Zostaniecie przewiezieni do obozu, gdzie będziecie pouczeni o prawdziwej waszej sytuacji. Pytań nie należy stawiać żadnych. Proszę, aby panie wyszły. Odtransportowanie zaczyna się natychmiast. Sądzę, że pan rektor zechce pochód rozpocząć". Uczestników zebrania oraz przypadkowo przebywające w Collegium Novum osoby, w sumie 183, zagoniono do samochodów ciężarowych, którymi przewieziono ich do więzienia krakowskiego, skąd przez więzienie w Breslau (Wrocławiu) trafili oni do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen, skąd część przetransportowano do Dachau. Trzy kobiety zwolniono do domów... Dzisiaj wiemy więcej niż za swego życia dowiedzieli się aresztowani przez Müllera akademicy, wśród których było 75 profesorów - uczonych światowej sławy. Wiemy, że Müller to było prawdziwe nazwisko 34-letniego wówczas Sturmbannführera SS i kierownika urzędu gestapo w Wilhelmshaven, Bruno Müllera. I wiemy, że to nie on był inicjatorem przeprowadzenia akcji, która do historii II wojny światowej przeszła pod kryptonimem "Sonderaktion Krakau". Stał za nią sam gubernator Hans Frank, naciskany przez ministrów Rzeszy: oświecenia publicznego i propagandy Josepha Goebbelsa oraz nauki, wychowania i oświaty ludowej Bernharda Rusta. Polecenie aresztowania profesorów wydał Müllerowi pochodzący z Hamburga Brigadeführer SS Bruno Streckenbach, który w połowie października 1939 roku został dowódcą policji bezpieczeństwa i Służby Bezpieczeństwa SS w GG. Streckenbach nie przekazał jednak Müllerowi żadnych szczegółów, przeprowadzenie Sonderaktion Krakau uzależniając od jego... pomysłowości i inwencji. Wszystko wskazuje, że to właśnie Müller wymyślił formę "wykładu". I nie pogłaskali go za to przełożeni. W dopiero co powstałym Głównym Urzędzie Bezpieczeństwa Rzeszy (RSHA) uznano, że Bruno Müller niczego właściwie nie rozwiązał, a Rzeszy przysporzył tylko kłopotów. Sprawa aresztowania krakowskich profesorów odbiła się bowiem głośnym echem w prasie światowej. U władz niemieckich interweniowało wiele sław nauki, wstawiając się za polskich kolegów. Ponoć nawet sam Benito Mussolini zatelefonował w tej sprawie do Adolfa Hitlera. Aresztowanych trzeba było więc w końcu zwolnić, chociaż wojenno-obozowej gehenny nie przeżyło trzynastu akademików, a kilku innych zmarło wkrótce po powrocie do Krakowa. Z Krakowa jednak dużo wcześniej odwołano Bruno Müllera. Stało się to już w końcu listopada 1939 roku. Wrócił do Wilhelmshaven, skąd w październiku 1940 r. przeniesiono go do berlińskiej centrali Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy na stanowisko kierownika referatu B4 w Urzędzie III RSHA, gdzie zajmował się m.in. sprawami przesiedleń ludności. Po krótkim incydencie służby w zbrodniczych formacjach jednej ze specjalnych grup operacyjnych policji bezpieczeństwa i Służby Bezpieczeństwa SS (Einsatzgruppe) na okupowanych terenach Związku Radzieckiego, Bruno Müller zjawił się w Stettinie z nominacją na szefa placówki gestapo (Staatspolizeistelle). Swe nowe obowiązki objął 2 grudnia 1941 roku.