Przez trzy lata swojej misji Mazowiecki jako specjalny sprawozdawca ONZ ds. przestrzegania praw człowieka napisał 18 raportów, dokumentujących czystki etniczne i katastrofalną sytuację humanitarną; w ostatnim znalazły się zeznania świadków ocalałych z masakry w Srebrenicy, gdzie w lipcu 1995 roku siły Serbów bośniackich wymordowały ok. 8 tys. Bośniaków (Muzułmanów). Po tych zeznaniach w geście protestu wobec bezczynności państw członkowskich ONZ Mazowiecki złożył mandat. "Obecnie uświadomić sobie trzeba i naturę tych zbrodni, i odpowiedzialność Europy i społeczności międzynarodowej za własną bezradność" - napisał do sekretarza generalnego ONZ. Srebrenica stała się dla Mazowieckiego najbardziej wymownym symbolem tej bezradności. Holenderski oddział sił pokojowych ONZ nie reagował, kiedy bośniaccy Serbowie pod wodzą gen. Radislava Krsticia zajęli miasto. Żołnierze na oczach ONZ-owskiego kontyngentu oddzielali mężczyzn (od 14. roku wzwyż) od kobiet i wywozili ich na śmierć. Na rozkaz dowódcy wojsk Serbów bośniackich, gen. Ratko Mladicia, wymordowali ok. 8 tys. Bośniaków, którzy tam mieszkali albo przyjechali schronić się w strefie bezpieczeństwa ustanowionej przez Narody Zjednoczone. "Czyszczenie etniczne" już przedtem pozostawiło dramatyczne ślady w tylu miejscach tego bratobójczego konfliktu. (...) Tym razem sama skala zbrodni popełnionej z zimną krwią miała wymowę porażającą" - mówił Mazowiecki. Do Srebrenicy specjalnemu sprawozdawcy ONZ nie wolno było dojechać; o tym, co się tam działo, Mazowiecki usłyszał kilka dni po masakrze od koczujących na lotnisku w Tuzli rannych mężczyzn, kobiet i dzieci, którym udało się uciec i przedostać przez lasy. "W rozmowach z tymi ludźmi dojrzało moje przekonanie o tym, co mam robić. Uznałem, że po kilkunastu obszernych raportach, jakie składałem instancjom Narodów Zjednoczonych, jedyne, co mi pozostaje, by tym ludziom pomóc, to głośna rezygnacja" - wspominał po latach b. premier. Mazowiecki uparł się, żeby w Tuzli spotkać się z ocalałymi, choć i chroniący specjalnego sprawozdawcę szwedzki oddział ONZ, i jego współpracownicy odradzali mu to, obawiając się linczu. W końcu - jak zauważa towarzyszący wówczas Mazowieckiemu Konstanty Gebert - jechać pod sztandarem ONZ do ocalałych ze Srebrenicy było właściwie prowokacją. "Gdy dotarliśmy na miejsce, ONZ-owscy żandarmi otoczyli dżip specjalnego sprawozdawcy ONZ ochronnym kordonem. Ludzie wyszli z namiotów i patrzyli na nas z nienawiścią, która dosłownie zapierała dech; rozległy się gwizdy. A potem ktoś rozpoznał sprawozdawcę i krzyknął: "Ovo nije UN! Ovo je Mazowiecki!" (+To nie ONZ, to Mazowiecki!+) - i Szwedzi nie mieli już nic do roboty. Pełne jej ręce miał zaś Mazowiecki, do którego namiotu ustawiła się kolejka świadków" - wspomina Gebert i przypomina, że także dzięki zebranym przez Mazowieckiego zeznaniom udało się aresztować odpowiedzialnych za masakrę. Kiedy 10 lipca 2005 roku w Bośni Mazowiecki odbierał medal Srebrenica 1995 - od matek i wdów pomordowanych - ze wzruszeniem przypominał, że w obliczu takich zbrodni nie można było milczeć, ale po masakrze w Srebrenicy dokumentowanie zbrodni już nie wystarczało. - Niektórzy w świecie polityki międzynarodowej uważali wtedy, że składając rezygnację, czynię pochopnie. Ja jednak wiedziałem, że daję świadectwo temu, że uczciwość musi stać ponad pokrętną dyplomacją, w której słowa o obronie praw człowieka przestają cokolwiek znaczyć - mówił do zebranych. - Uważałem tak jako człowiek, ale także jako chrześcijanin, który składał w ten sposób świadectwo. Nie uczyniłem nic wielkiego. Postąpiłem tak, jak nakazywało mi sumienie. Chciałem być waszym głosem, kiedy wy nie byliście słyszani - podkreślił. Komisja Praw Człowieka ONZ powołała specjalnego sprawozdawcę w sierpniu 1992 roku, powierzając tę funkcję Mazowieckiemu w uznaniu jego zasług w walce z komunizmem w Polsce. Zadaniem b. premiera było odbycie misji do wszystkich krajów b. Jugosławii i przygotowanie raportów o sytuacji praw człowieka. Pierwszy raport, który sporządził Mazowiecki, przedstawiony został już 28 sierpnia 1992 roku. Były premier pisze w nich o czystkach etnicznych wśród Muzułmanów i Chorwatów oraz exodusie Serbów z Chorwacji. W kolejnych szczególną uwagę zwraca na dwie formy "czyszczenia etnicznego" - pierwszą dokonywaną przez gwałty, drugą przez niszczenie miejsc kultu, które służy temu, by wymazać pozostałości po kulturze wypędzanych mieszkańców. W raporcie z 10 lutego 1993 Mazowiecki szczegółowo opisuje egzekucje zbiorowe, także kobiet i dzieci. Dzięki współpracy Mazowieckiego z dziennikarzami w mediach całego świata od sierpnia 1992 r. coraz częściej i obszerniej pojawiały się relacje o zbrodniach wojennych i - w szczególności - o katastrofalnej sytuacji kobiet i dzieci. - Uważałem, że adresatami moich raportów nie mogą być tylko oficjalni przedstawiciele państw, dyplomaci, ale że powinny one być znane opinii publicznej - wyjaśniał po latach. Raporty Mazowieckiego posłużyły Międzynarodowemu Trybunałowi w Hadze, który prowadzi indywidualne śledztwo w sprawie zbrodni wojennych w b. Jugosławii, do sformułowania opinii i wskazania poszczególnych przypadków, które wymagały zbadania. Odpowiedzialny za ludobójstwo w Srebrenicy serbski zbrodniarz wojenny gen. Radislav Krstić w 2001 r. został skazany jako pierwszy zbrodniarz z b. Jugosławii - na 46 lat więzienia, co po apelacji złagodzono w 2004 r. do 35 lat. Wyrok odsiaduje obecnie w Polsce - na takie rozwiązanie zgodził się polski sąd - w brytyjskim więzieniu w zemście za masakrę Bośniaków napadło na niego trzech muzułmańskich współwięźniów, którzy poderżnęli mu gardło; Serb ledwo przeżył. Najwięksi serbscy zbrodniarze wojenni - Radovan Karadżić i Ratko Mladić - jeszcze nie zostali osądzeni; procesy obu przed Trybunałem w Hadze wciąż trwają. Raport o roli Holendrów w wydarzeniach w Srebrenicy doprowadził do upadku holenderskiego rządu w 2002 r., ale państwo do dziś oficjalnie tłumaczy, że jego żołnierze zrezygnowali z walki, bo nie mieli szans po decyzji dowództwa misji wojskowej ONZ, które odmówiło wsparcia i zbombardowania Serbów z powietrza. Wojna w b. Jugosławii w latach 1992-1995 pochłonęła 100 tys. ofiar; ponad dwa miliony straciły dach nad głową. Listy zaginionych nadal pozostają długie; tysiące Serbów, Bośniaków, Chorwatów wciąż nie wie, co stało się z ich bliskimi.