Wbrew zapowiedziom, Marek U. nie składał wyjaśnień. Skorzystał z prawa do ich odmowy i złożył z adwokatem wniosek o umożliwienie mu zapoznania się z aktami. 10 czerwca krakowska prokuratura zarzuciła Markowi U., że "w maju 2000 roku przywłaszczył sobie powierzone mu pieniądze w kwocie 100 tys. zł, przeznaczone na finansowanie kampanii prezydenckiej jednego z ówczesnych kandydatów". Marek U. nie przyznał się wówczas do zarzutu i skorzystał z prawa do odmowy wyjaśnień. Ustalono termin pod koniec czerwca, kiedy ponownie stawi się w prokuraturze i złoży wyjaśnienia. Jak podały źródła zbliżonych do prokuratury, wyjaśnień takich w piątek ponownie nie złożył. Zarzuty Markowi U. postawiono w toku śledztwa dotyczącego nielegalnego finansowania lewicy. Materiały w tej sprawie zostały w lipcu ub.r. wyłączone ze śledztwa dotyczącego korupcji i niegospodarności byłego zarządu Krakowa, w którym - na podstawie zeznań dwójki krakowskich biznesmenów - oskarżony został m.in. były poseł PO Tomasz Szczypiński. Marek U. był już przesłuchiwany w 2008 r. w tej sprawie, podobnie jak m.in. Marek Pol - były lider Unii Pracy, i - pod koniec ub.r. - Aleksander Kwaśniewski. - Zebrany materiał umożliwił postawienie zarzutu Markowi U. - powiedziała prok. Marcinkowska. Według ustaleń prokuratury, pieniądze Markowi U. przekazały "dwie prywatne osoby". Rzeczniczka nie chciała potwierdzić spekulacji mediów, że są to ci sami biznesmeni, którzy obciążają były zarząd Krakowa. Według RMF FM, jeden z tych biznesmenów zeznał w śledztwie, że osobiście dał U. ponad 100 tys. zł. Dla dobra śledztwa prokuratura od początku odmawiała podania bliższych informacji na temat sprawy. Z informacji uzyskanych ze źródeł zbliżonych do prokuratury wynikało, że sprawa nielegalnego finansowania lewicy dotyczy kwoty co najmniej 300 tys. zł, jaka między 1997 a 2001 rokiem miała zasilić fundusz partyjny SLD i fundusze na kampanię prezydencką Aleksandra Kwaśniewskiego w 2000 r. B. prezydent w oświadczeniu po przedstawieniu zarzutu podejrzanemu zapewnił, że w ciągu wieloletniej ich współpracy "wykazywał się on uczciwością i rzetelnością"; miał i ma do niego "pełne zaufanie" i jest przekonany, że w dalszym postępowaniu procesowym całkowicie udowodni on swoją niewinność. Proces w sprawie niegospodarności byłego zarządu Krakowa i korupcji rozpoczął się przed krakowskim sądem w połowie grudnia 2008 roku. Aktem oskarżenia objętych zostało siedem osób: pięciu byłych wiceprezydentów Krakowa, w tym Tomasz Szczypiński, były wojewoda małopolski Jerzy Adamik i były radny miejski. Podejrzani nie przyznali się w śledztwie do zarzucanych im czynów. Sprawa dotyczy skorzystania przez miasto w 1999 r. z prawa pierwokupu działek położonych w krakowskiej dzielnicy Chełm za kwotę 5 mln zł. Za przeprowadzeniem tej transakcji głosował zarząd miasta. Grunty w rzeczywistości były warte niespełna 1,4 mln zł. Wcześniej dużo taniej kupili je dwaj biznesmeni Rafał R. i Marian M. i to oni postanowili sprzedać je gminie. Biznesmeni przyznali się do winy, dobrowolnie poddali się karze i zostali już prawomocnie skazani na wyroki w zawieszeniu, zaś w swoich wyjaśnieniach obciążyli m.in. Tomasza Szczypińskiego. Są oni obecnie głównymi świadkami oskarżenia w toczącym się procesie przeciwko byłym władzom Krakowa. Jak spekulowały krakowskie media, prawdopodobnie od nich mogły również pochodzić informacje, które doprowadziły do wyłączenia wątku dotyczącego nielegalnego finansowania lewicy, i oni przekazali U. 100 tys. zł. Marek U. ma jeszcze inne kłopoty z prawem. 18 sierpnia przed warszawskim sądem ma się zacząć jego proces, w którym jest oskarżony przez Prokuraturę Okręgową w Katowicach o ujawnienie tajemnicy państwowej i składanie fałszywych zeznań. U. miał w 2003 r. ujawnić tajemnicę państwową, informując b. ministra skarbu Wiesława Kaczmarka o działaniach podjętych wobec niego przez służby specjalne w związku z rzekomym przyjęciem przez niego łapówki. Fałszywe zeznania miał zaś złożyć w postępowaniu dotyczącym zatrzymania w 2002 r. ówczesnego szefa PKN Orlen Andrzeja Modrzejewskiego. Kiedy w 2005 r. postawiono mu te zarzuty, U. mówił, że jest tym "zdumiony". W śledztwie skorzystał z prawa do odmowy składania wyjaśnień. Grozi mu do pięciu lat więzienia. Z kolei w 2008 r. warszawska prokuratura postawiła U. zarzuty ukrycia dokumentu, którym nie miał prawa wyłącznie rozporządzać. Grozi za to do dwóch lat więzienia. Według "Wprost", sprawa dotyczy "prowokacji wymierzonej pięć lat temu w ówczesnego premiera Leszka Millera". Na początku 2003 r. wśród polityków pojawiła się plotka, jakoby jeden z najbogatszych Polaków Aleksander Gudzowaty skarżył się na syna Millera, że ten żąda od niego łapówek w zamian za umożliwienie prowadzenia interesów. Gudzowaty, który nic takiego nie rozpowszechniał, uznał sprawę za prowokację i poinformował o niej m.in. kancelarię premiera oraz prezydenta. Do Kwaśniewskiego pismo Gudzowatego nigdy nie dotarło. Zdaniem prokuratury zatrzymał je Marek U., za co postawiono zarzut. U. nie komentował sprawy.