Bajer w liście do zarządu SDP zwróciła się o wykreślenie jej z listy członków tej organizacji. Swój wniosek umotywowała "absolutną niezgodą z postępowaniem obecnych władz Stowarzyszenia". Jej zdaniem dziennikarstwo jest "służbą społeczeństwu, ale i suwerennemu, demokratycznemu państwu"; "nie mogę być członkiem organizacji, której władze temu przeczą" - napisała Bajer. Była wieloletnia szefowa Rady Etyki Mediów zarzuca prezesowi SDP Krzysztofowi Skowrońskiemu "prowadzenie partyjnych zebrań". - Tak nie wolno. Każdy ma poglądy, jakie ma, i może o tym pisać i mówić, natomiast Stowarzyszenie skupia dziennikarzy o różnych poglądach i ktoś, kto jest wybranym prezesem, nie może się kojarzyć z jedną partią, wszystko jedno jaką - powiedziała Bajer. W październiku podobne zarzuty wobec Skowrońskiego podniosła część działaczy SDP, która wystosowała do niego list otwarty, wzywający do ustąpienia z funkcji prezesa. Skowroński był moderatorem zorganizowanej przez PiS debaty ekonomistów poświęconej kwestiom gospodarczym i programowi gospodarczemu partii. Prowadził też konferencję w siedzibie SDP, podczas której PiS przedstawił swego kandydata na premiera prof. Piotra Glińskiego. "Drastyczne naruszenie podstawowych standardów" Bajer zarzuca też zasiadającej w zarządzie SDP Teresie Bochwic "drastyczne naruszenie podstawowych standardów etycznych (nie etyki dziennikarskiej, ale ogólnej) (...) poprzez zachęcanie do obejrzenia rosyjskich zdjęć ofiar katastrofy smoleńskiej i sugerowanie, że ta tragedia nie była katastrofą". Bochwic w październikowym felietonie na jednym z portali internetowych zachęcała do obejrzenia tych zdjęć, pisząc: "Każdy myśli o tych, co zostali, o delikatności wobec ich uczuć. Moim zdaniem jednak każdy zdrowy psychicznie dorosły powinien obejrzeć przynajmniej jedno-dwa z tych zdjęć, skoro już znalazły się w obiegu. Obejrzyjcie te zdjęcia, chociaż jedno. Dowiecie się więcej, niż przez ostatnie 2,5 roku" - napisała wówczas Bochwic. Felieton znajduje się też na stronie internetowej SDP. - Nie wolno namawiać do oglądania drastycznych zdjęć, czyjekolwiek by one były. W REM sto razy chyba o tym mówiliśmy i wydawaliśmy oświadczenia na ten temat. A jeszcze taki komentarz, jaki ona zamieściła... - powiedziała Bajer. Kolejny powód odejścia Bajer z SDP to "namawianie do obrony dziennikarza "Rzeczpospolitej" Cezarego Gmyza oraz innych osób zwolnionych z pracy w redakcji w związku z jego skandalicznym artykułem". "Na razie nie komentuję" Gmyz to autor tekstu pt. "Trotyl we wnętrzu tupolewa". Przedstawionym w nim informacjom, jakoby polscy śledczy wykryli na wraku samolotu, który rozbił się pod Smoleńskiem, ślady materiałów wybuchowych, zaprzeczyła prokuratura wojskowa. Gmyz, wraz z trzema innymi osobami, w tym z redaktorem naczelnym "Rz" Tomaszem Wróblewskim, zostali zwolnieni z pracy w gazecie. SDP wydało wówczas oświadczenie, w którym oceniło, że "niezależność redakcji została skrajnie zagrożona". Według zarządu SDP działania podjęte przez wydawcę "Rz" wobec Gmyza to "naruszenie obowiązujących w wolnych i niezależnych mediach zasad postępowania wobec dziennikarzy śledczych". Prezes SDP Krzysztof Skowroński odmówił komentarza w sprawie odejścia Bajer. - Na razie nie komentuję. Mogę powiedzieć jedną rzecz - że SDP jest demokratyczną strukturą, w której władze Stowarzyszenia wybierane są raz na trzy lata (...) Po trzech latach następuje moment, w którym wszyscy, którzy są w stowarzyszeniu, decydują o tym, kto będzie rządził SDP i jednocześnie je reprezentował - powiedział Skowroński. Magdalena Bajer była członkiem SDP od ok. 40 lat. Od 1996 r., czyli chwili powstania Rady Etyki Mediów, była jej przewodniczącą. W maju ub.r. odmówiła przyjęcia nominacji na członka REM na kolejną kadencję, argumentując, że "bardzo zasadniczo różni się z większością członków nowej rady w poglądach na zadania, jakie powinna ona wypełniać", przez co - jak mówiła - "nie będzie miała możliwości urzeczywistniania swoich poglądów". Bajer jest członkiem prezydium Komitetu Etyka w Nauce przy Wydziale I Polskiej Akademii Nauk.