Autorzy wniosku - jak napisano w jego uzasadnieniu - uważają, że zaskarżone przez nich "unormowania Traktatu z Lizbony oznaczają, że w tym kształcie jest on niezgodny zarówno z zasadą pierwszeństwa konstytucji przed każdym innym unormowaniem prawnym, jak i z zasadą suwerennego i demokratycznego stanowienia o losie RP". Wnioskodawcy zaskarżają Traktat, uważając, że jego przepisy mogą doprowadzić do sytuacji, że Polska będzie musiała zaakceptować rozstrzygnięcia unijnych organów, nawet jeśli polskie władze nie będą ich akceptować. Taka sytuacja zaś - zdaniem wnioskodawców - godzi w zasadę suwerenności narodu, który bezpośrednio lub przez swoich przedstawicieli, czyli władze, decyduje o sprawach swego państwa. Według autorów wniosku, prawo unijne nie może być nadrzędne nad prawem krajowym. Zgodnie z Traktatem Lizbońskim od 2014 r. w kwestiach, w których Rada UE podejmuje decyzje kwalifikowaną większością, obowiązywać zacznie system podwójnej większości państw (55 proc.) i obywateli (65 proc.) - jest on mniej korzystny z polskiego punktu widzenia niż obecny system nicejski. Odsunięcie w czasie obowiązywania tej zasady do roku 2014 odbyło się na wniosek Polski. Do tego czasu będą obowiązywały dotychczasowe, korzystne dla Polski zasady głosowania w Radzie UE, które przewiduje Traktat z Nicei. Jednak - również na wniosek Polski - przez prawie trzy kolejne lata, od 1 listopada 2014 do 31 marca 2017 roku, każdy kraj będzie mógł zażądać powtórnego głosowania w systemie nicejskim i jeśli zbuduje mniejszość blokującą, decyzja nie zapadnie. Ponadto Traktat znosi zasadę jednomyślności w Radzie (ministrów) UE - czyli jest to zniesienie prawa weta pojedynczych państw - w ponad 40 sprawach - głównie proceduralnych; weto utrzymano jednak w takich kwestiach, jak zmiany w traktatach, poszerzenie UE, polityka zagraniczna i obronna, zabezpieczenie socjalne, podatki i kultura. - Traktat jest zaskarżony w całości, a w szczególności przepisy Traktatu, które zmieniają regulacje dotychczasowych traktatów pozwalające na głosowanie większością, co skutkuje tym, że Rzeczpospolita może znaleźć się w sytuacji, że nie akceptując danej zmiany ustawowej, będzie musiała ją przyjąć - powiedział Macierewicz. Wnioskodawcy zaskarżyli art. 1 i 2 Traktatu Lizbońskiego "w tym zakresie, w jakim zmienione przez niego artykuły Traktatu o UE dopuszczają stanowienie przez Radę Unii Europejskiej wbrew stanowisku RP aktów prawnych obowiązujących na terytorium RP lub wiążących ją w stosunkach zewnętrznych". Według wnioskodawców przepisy te są niezgodne z art. 90 ust 1 i 3 konstytucji. Przewiduje on, że RP może na podstawie umowy międzynarodowej przekazać organizacji międzynarodowej kompetencje organów władzy państwowej w niektórych sprawach oraz, że wyrażenie zgody na ratyfikację takiej umowy może być uchwalone w referendum ogólnokrajowym. Ponadto, jak podkreślono, przepisy art. 1 i 2 Traktatu są niezgodne z przepisem ustawy zasadniczej, stanowiącym, że konstytucja jest najwyższym prawem RP. - Co w szczególności oznacza niezgodność z wyrażoną w preambule Konstytucji RP zasadą suwerennego i demokratycznego stanowienia Rzeczypospolitej Polskiej o losie Ojczyzny oraz zasadą nadrzędności Konstytucji RP nad wszelkim prawem obowiązującym w RP - czytamy w uzasadnieniu wniosku. Posłowie wnoszą także o orzeczenie przez Trybunał, że Deklaracja nr 17 dołączona do aktu końcowego konferencji międzyrządowej, która przyjęła Traktat z Lizbony, jest niezgodna z polską ustawą zasadniczą, gdyż - jak uzasadniał Macierewicz - "stanowi ona o wyższości prawa unijnego nad konstytucją". Równocześnie wnioskodawcy - na wypadek gdyby TK nie orzekł o niezgodności z konstytucją zaskarżonych przez nich postanowień Traktatu - zwracają się do Trybunału o orzeczenie niezgodności z ustawą zasadniczą art. 1 ustawy o ratyfikacji Traktatu z Lizbony. - Ustawa zezwoliła na ratyfikację, nie wskazując na konieczność dołączenia do Traktatu ustaw okołotraktatowych, które pozwoliłyby na akceptację (unijnego) ustawodawstwa podejmowanego większością głosów poprzez uprzednie przyjmowanie ustaw sejmowych - powiedział Macierewicz. W jego opinii, "aby Traktat mógł być uznany za zgodny z konstytucją, musiałyby istnieć ustawy okołotraktatowe, które mówiłyby, że przed rozważaniem przez przedstawiciela Polski wniosku, który jest głosowany większością w Unii Europejskiej, każdorazowo musiałaby być ustawa Sejmu, Senatu lub referendum, dokładnie tak jak jest w Niemczech i Czechach". W Niemczech w związku z Traktatem Lizbońskim parlament przyjął ustawy kompetencyjne. W myśl ustaw stanowisko parlamentu powinno być podstawą dla działań rządu, ale ten będzie miał możliwość odstąpienia od wytycznych parlamentu w przypadku zaistnienia istotnych powodów. Bundestag będzie też m.in. wyrażał zgodę w przypadku przeniesienia kompetencji na UE w takich dziedzinach jak prawo karne, polityka obronna, ochrona środowiska, prawo rodzinne w aspekcie transgranicznym czy prawo pracy i sprawy socjalne, a także w przypadku zastosowania tzw. klauzuli elastyczności, która daje UE możliwość podejmowania działań w sferach nieprzewidzianych traktatem. Macierewicz przyznał, że miał wątpliwości, czy można złożyć wniosek do Trybunału, w sytuacji gdy - jak to jest obecnie - Traktat Z Lizbony nie jest jeszcze opublikowany w polskim Dzienniku Ustaw. "Brałem to pod uwagę. Po opublikowaniu w Dzienniku Ustaw UE takie wątpliwości powinny ustąpić. Czekanie w nieskończoność byłoby nieracjonalne" - podkreślił. Macierewicz zaznaczył, że gdyby wniosek był zakwestionowany ze względów formalnych, złoży go ponownie, po publikacji Traktatu w polskim Dzienniku Ustaw. W ocenie posła PiS, jeżeli Trybunał nie przychyli się do wniosku, to "popełni samobójstwo", bo pozbawi się kompetencji do orzekania o zgodności unijnego prawa z konstytucją i przyjmie jego wyższość nad polskim ustawodawstwem. Podobny wniosek do TK ma przygotowany grupa senatorów PiS. Jak powiedział PAP senator Piotr Andrzejewski ze złożeniem wniosku czekają do czasu opublikowania Traktatu z Lizbony w polskim Dzienniku Ustaw.