O negatywnych - zdaniem PiS - skutkach reformy systemu dowodzenia Siłami Zbrojnymi RP mówili na czwartkowej konferencji prasowej posłowie PiS Antoni Macierewicz i Marek Opioła. "PiS wyraża najwyższe zaniepokojenie i troskę w związku z brakiem przejrzystych, jasnych i skutecznych regulacji w systemie dowodzenia siłami zbrojnymi. Reforma nie doprowadziła do utworzenia jasnego systemu. Zniszczono ciągłość i jednolitość dowodzenia armią, która była realizowana poprzez Sztab Generalny. Stworzono sytuację, w której nie bardzo wiadomo, kto będzie dowodził w sytuacji ewentualnego konfliktu zbrojnego" - powiedział Macierewicz. Dodał, że PiS domaga się powrotu do poprzedniego systemu dowodzenia, w tym m.in. wzmocnienia pozycji Sztabu Generalnego. Opioła zaznaczył, że szczególny nieporządek panuje w strukturze dowodzenia Wojsk Specjalnych. Przekonywał m.in., że w nowej strukturze dowodzenia "znacznie wydłużyła się ścieżka podejmowania decyzji" m.in. o użyciu tych wojsk. Jeszcze w trakcie konferencji na Twitterze na zarzuty PiS odpowiedział minister obrony narodowej Tomasz Siemoniak. "Reforma dowodzenia została przyjęta przez Sejm i jasno określa, kto dowodzi siłami zbrojnymi w czasie pokoju, kryzysu i wojny" - napisał Siemoniak. Zarzuty PiS ocenił jako "nietrafione". "Dlaczego posłowie Macierewicz i Opioła atakują dowodzenie SZ RP w takim momencie? Niestety, kampania" - napisał Siemoniak. Minister przekonywał ponadto, że wbrew opinii posłów PiS "reforma skróciła drogę MON - Wojska Specjalne o jedno ogniwo - Sztab Generalny". "Rozkazy dotrą szybciej" - ocenił Siemoniak. Dwa główne dowództwa zamiast dotychczasowych dowództw sił lądowych, powietrznych, morskich i specjalnych; Sztab Generalny w zmienionej roli, taka sama struktura na czas pokoju i wojny - od nowego roku w armii obowiązuje nowy system dowodzenia. W miejsce czterech odrębnych dowództw rodzajów sił zbrojnych, powstały dwa dowództwa połączone - Dowództwo Generalne Rodzajów Sił Zbrojnych, odpowiedzialne za przygotowanie armii do działań i jej funkcjonowanie w czasie pokoju, oraz Dowództwo Operacyjne RSZ dowodzące (tak jak dotychczasowe Dowództwo Operacyjne Sił Zbrojnych) wojskami wydzielonymi do misji zagranicznych i przejmujące dowodzenie w czasie kryzysu lub wojny. Zmienia się rola Sztabu Generalnego WP. Ma się on stać głównym ośrodkiem planowania strategicznego i projektowania rozwoju sił zbrojnych, a nie dowodzenia. Nie będzie już organem pośrednim między ministrem obrony a armią. Jeszcze w trakcie prac sejmowych zmianom w systemie dowodzenia sprzeciwiały się PiS i SLD, zastrzeżenia zgłaszała też SP. W październiku ub.r. PiS zaskarżyło ustawę do Trybunału Konstytucyjnego, argumentując, że znosi ona stanowiska dowódców rodzajów sił zbrojnych, na które - zgodnie z konstytucją - mianuje prezydent. Według MON i BBN nowelizacja nie jest sprzeczna z ustawą zasadniczą, ponieważ nie znosi dowództw rodzajów sił zbrojnych, lecz przez konsolidację zmienia ich formułę.