W piątek z Trzaskowskim, który szefem MAC został w listopadzie 2013 r., spotkał się zwierzchnik Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego bp Jerzy Samiec. Poinformował on PAP, że w rozmowie nie padły żadne obietnice ani nie ustalono, co dalej. "Spotkaliśmy się z ministrem Trzaskowskim i de facto tylko wymieniliśmy poglądy. On nic nowego nie przedstawił, tylko po prostu wysłuchał naszej strony. Było to bardziej takie spotkanie zapoznawcze z nowym ministrem" - powiedział Samiec. W poniedziałek z Trzaskowskim spotkali się przedstawiciele Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego, który sprzeciwia się odpisowi podatkowemu. Prawosławny metropolita Warszawy i całej Polski abp Sawa wielokrotnie argumentował, że prawosławni przeważnie mieszkają na wsiach albo w miasteczkach i są to ludzie ubodzy. Jego zdaniem sprawiedliwa byłaby rekompensata, zapisana w ustawie i umowie z rządem. Trzaskowski przyznał, że z Kościołem prawosławnym MAC ma największy problem i zastanawia się, jakie podjąć decyzje, "by nie zachwiać całą reformą, nie robić w niej wyłomu ani również nie przesuwać jej wejścia w życie na lata". "Najważniejsze jest, żeby próbować wziąć pod uwagę uzasadnione postulaty mniejszych Kościołów bez podważania spójności całej reformy. To jest główny nasz dylemat" - powiedział PAP Trzaskowski. Dodał, że resort testuje różne rozwiązania, ale głównym problemem jest spójność reformy. "Ważne jest dla nas stanowisko Kościoła katolickiego. Po wyborze nowych władz będziemy się z nim spotykać prawdopodobnie w przyszłym tygodniu" - zapowiedział. Zgodnie z rządową propozycją Fundusz Kościelny ma zastąpić odpis 0,5 proc. na wybrany Kościół lub związek wyznaniowy; rozwiązania te mają być oparte na regulacjach dotyczących odpisu 1 proc. podatku dochodowego na rzecz organizacji pożytku publicznego. W pierwszych trzech latach po wprowadzeniu zmian państwo ma wyrównywać Kościołom i związkom wyznaniowym różnicę pomiędzy kwotą uzyskaną z odpisu a wysokością dotacji z budżetu państwa przewidzianą na Fundusz Kościelny w 2013 r., waloryzowaną o wskaźnik inflacji. Po trzech latach ma nastąpić weryfikacja funkcjonowania odpisu, wtedy też możliwa będzie ewentualna zmiana jego wysokości. Pod koniec lutego Trzaskowski zapowiadał, że w ciągu dwóch tygodni ma zostać ustalone rządowe stanowisko wobec postulatów Kościołów i związków wyznaniowych. Z kolei premier Donald Tusk, poinformował, że mniejsze Kościoły podnoszą kwestię, jak długo miałyby trwać gwarancje państwa. "Proponujemy, żeby to były trzy lata, w dyskusji pojawił się wariant trzy może do pięciu lat" - powiedział wtedy Tusk. Dodał, że ze strony mniejszych Kościołów jest oczekiwanie, żeby ten czas ochrony był wyraźnie dłuższy i wynosił 10 lat. W Polsce na podstawie odrębnych ustaw funkcjonują następujące Kościoły i związki wyznaniowe: Kościół katolicki, Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny, Kościół ewangelicko-augsburski, Związek Gmin Wyznaniowych Żydowskich, Muzułmański Związek Religijny, Kościół katolicki obrządek bizantyjsko-ukraiński, Kościół starokatolicki mariawitów, Kościół zielonoświątkowy, Kościół polskokatolicki, Kościół Adwentystów Dnia Siódmego, Kościół katolicki obrządek ormiański, Kościół Chrześcijan Baptystów, Kościół ewangelicko-metodystyczny, Kościół ewangelicko-reformowany, Kościół katolicki mariawitów, Staroprawosławna Pomorska Cerkiew RP, Kościół katolicki obrządek bizantyńsko-słowiański, Karaimski Związek Religijny. Według rządu po zastąpieniu Funduszu Kościelnego odpisem podatkowym Kościoły i związki wyznaniowe samodzielnie płaciłyby składki na ubezpieczenie społeczne i zdrowotne duchownych. Płacenie składek ubezpieczeniowych przez wszystkie osoby zatrudnione w formie stosunku pracy (np. przez księży katechetów) ma się odbywać w taki sam sposób jak teraz. Obecnie z Funduszu Kościelnego pokrywane są ubezpieczenia duchownych, którzy nie mają umów o pracę, m.in. misjonarzy i zakonników zakonów kontemplacyjnych. Fundusz Kościelny działa na mocy ustawy z 1950 r. o przejęciu przez państwo dóbr martwej ręki, poręczeniu proboszczom posiadania gospodarstw rolnych. Powstał jako rekompensata za bezprawne zagarnięcie przez państwo dóbr kościelnych na rzecz Skarbu Państwa.