Jak podkreślono w uzasadnieniu projektu został on uzgodniony z Konferencją Episkopatu Polski. Rzeczniczka MSWiA Małgorzata Woźniak powiedziała, że projekt nowelizacji uchyla zapisy ustawy o stosunkach państwo-Kościół, regulujące tryb i zasady działania Komisji Majątkowej. Sprawy związane z roszczeniami o przejmowanie majątków rozpatrywane byłyby na zwykłych zasadach, drogą sądową. Resort przygotował też projekt umowy z Konferencją Episkopatu Polski, która stanowiłaby potwierdzenie, że obie strony zgodnie chcą takiej nowelizacji ustawy. W myśl projektu podmioty kościelne, państwowe, samorządowe czy prywatne, będące uczestnikami postępowań regulacyjnych prowadzonych dotychczas na podstawie przepisów o Komisji Majątkowej w sprawach, w których nie zapadło dotąd orzeczenie komisji, będą mieć 6 miesięcy na wystąpienie o podjęcie zawieszonego postępowania sądowego, a jeżeli nie było ono wszczęte - wystąpić do sądu o zasądzenie roszczenia. - Rozmowy ze stroną kościelną w tej sprawie trwały od pewnego czasu. Otrzymała ona także projekt nowelizacji. Wydaje się, że komisja wyczerpała swoje możliwości działania. Od jakiegoś czasu trwały rozmowy ze stroną rządową i kościelną o zakończeniu prac komisji - powiedziała Woźniak. W uzasadnieniu do projektu zaznaczono, że powodem decyzji o uchyleniu przepisów regulujących działanie Komisji jest to, że w ostatnim czasie istotnie spadła liczba spraw do niej wpływających. Komisja, powołana do życia ustawą o z 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła Rzymskokatolickiego, przez ponad 20 lat działalności w składzie równej liczby przedstawicieli MSWiA i Sekretariatu Konferencji Episkopatu Polski rozpatrywała wnioski dotyczące przywrócenia lub przekazania własności nieruchomości lub ich części. Wnioski składały kościelne osoby prawne. Jak powiedziała Woźniak w sumie komisja rozpatrzyła ok. 2,8 tys. spraw. Do rozpatrzenia pozostało ich jeszcze ok. 220 i są to, jak oceniał m.in. szef MSWiA Jerzy Miller, sprawy najtrudniejsze. Do końca października współprzewodniczący Komisji Majątkowej Józef Różański ma przygotować dla szefa MSWiA informację dotyczącą prac komisji i podjętych przez nią decyzji. W kwietniu informował on, że zespoły orzekające Komisji Majątkowej przekazały stronie kościelnej 490 nieruchomości o łącznym obszarze ok. 60 tys. ha oraz przyznały rekompensaty i odszkodowania na kwotę 107,5 mln zł. Nieoficjalnie źródło w Komisji Majątkowej potwierdziło w październiku tę kwotę, podając jednocześnie, że - jak dotąd - stronie kościelnej przekazano ok. 66 tys. ha - głównie gruntów rolnych i leśnych. W skład Komisji wchodzi 12 osób: po sześciu przedstawicieli rządu i episkopatu. Komisja była krytykowana m.in. za to, że większość jej decyzji zapadała bez konsultacji z samorządami czy zarządcami nieruchomości oraz bez możliwości odwołania się do sądu od jej werdyktu. Media podawały też, że nie weryfikowano wycen gruntów przedstawianych przez rzeczoznawców Kościoła - miały być zaniżane. We wrześniu sąd w Gliwicach aresztował pełnomocnika instytucji kościelnych w Komisji Majątkowej Marka P. Prokuratura stawia mu cztery zarzuty: jeden dotyczy korumpowania osoby pełniącej funkcję publiczną w Komisji, trzy pozostałe - oszustwa na szkodę dwóch osób fizycznych i jednej instytucji na łączną sumę ok. 10 mln zł. Z kolei wydział przestępczości zorganizowanej i korupcji Prokuratury Apelacyjnej w Warszawie wszczął w październiku postępowanie sprawdzające z doniesienia SLD o zbadanie 20 lat działalności Komisji Majątkowej, która decyduje o zwrocie Kościołowi majątku zagrabionego mu w PRL. W 2009 r. posłowie Lewicy zaskarżyli do Trybunału Konstytucyjnego przepisy o Komisji, wskazując m.in., że nie ma możliwości odwołania się od jej decyzji. Termin posiedzenia w tej sprawie nie został jeszcze wyznaczony.