Kwiatkowski komentował w Sejmie decyzję Sądu Okręgowego w Warszawie, który uniewinnił Ryszarda Boguckiego i Andrzeja Z., ps. Słowik, oskarżonych o nakłanianie do zabójstwa b. szefa policji gen. Papały.Jak podkreślił, nie chciałby oceniać pracy prokuratorów. - Od oceny pracy prokuratorów, od wyciągania wniosków systemowych i indywidualnych jest prokurator generalny - zaznaczył. - Mówimy o dwóch wyjątkowo odrażających przestępcach, nieprawomocnym rozstrzygnięciu sądu. Dlatego nasze opinie powinny być wstrzemięźliwe - stwierdził Kwiatkowski. Wyraził też przekonanie, że "ostatecznie w wyniku pracy prokuratorów dojdzie do ukarania tych, którzy stoją za zamordowaniem generała Papały". - Sytuacja, w której tak rozbieżną ocenę stanu faktycznego miały dwie jednostki prokuratury, dla mnie jako prawnika była zaskakującą i wcześniej niewystępującą - zauważył. Kwiatkowski podkreślił, że zakłada odwołanie prokuratury od wyroku. Zaznaczył, że środowe orzeczenie sądu potwierdza, że decyzja, którą podjął, jako prokurator generalny o przeniesieniu śledztwa do Łodzi była słuszna. - Mam nadzieję, że aktywność łódzkich prokuratorów ma szansę doprowadzić do tego, że ci, którzy odpowiadają za zabójstwo generała Papały poniosą odpowiedzialność karną. Nie dezawuuję pracy warszawskich prokuratorów - powiedział. - Dzisiejsze okoliczności potwierdzają, że ta ocena sytuacji, która miała miejsce pod koniec 2009 roku i analiza zgromadzonego materiału, której następstwem była decyzja o przeniesieniu postępowania do Łodzi była decyzją starannie przemyślaną - dodał. Zapytany przez dziennikarzy czy obecny prokurator generalny Andrzej Seremet powinien wytłumaczyć działania prokuratury ws. zabójstwa Papały, odpowiedział: "Uważam, że w tej sprawie im więcej informacji kierowanych do obywateli, tym lepiej. Ta informacja powinna być z uwagi na to, że mamy do czynienia z sytuacją, że dwie jednostki prokuratury mają w tym zakresie inne oceny". Jak podkreślił w środę sąd, w procesie wytworzyła się szczególna sytuacja, gdy pozostające poza procesem wątki śledztwa w sprawie śmierci Papały przeniesiono z Warszawy do prokuratury w Łodzi. Uznał za zdumiewające, że prokuratury nie potrafiły współpracować. Akt oskarżenia wobec Boguckiego i Andrzeja Z. w listopadzie 2009 r. wysłała do sądu Prokuratura Apelacyjna w Warszawie. Wtedy też do Łodzi przeniesiono śledztwo wobec polonijnego biznesmena Edwarda Mazura. Sędzia Paweł Dobosz, uzasadniając uniewinnienie, uznał za zdumiewające, że w takiej sprawie nie potrafiły współpracować ze sobą prokuratury. - Zasada jednolitości prokuratury okazała się fasadowa, a współpraca prokuratur nie układała się, jak trzeba. To zdumiewające, że stało się tak w takiej sprawie - powiedział sędzia, dodając, że to sąd "sprowadził sprawę na właściwe tory" i musiał zastąpić prokuraturę w pozyskiwaniu informacji.