Śledczy przedstawili księdzu zarzuty przywłaszczenia na szkodę parafii ponad 233 tys. zł pochodzących z pożyczki zaciągniętej na remont kościoła. Znaczną część kredytu musiała spłacić łowicka kuria, która poręczyła pożyczkę. Kolejne zarzuty dotyczą doprowadzenia do niekorzystnego rozporządzenia mieniem w wysokości 60 tys. i 10 tys. złotych dwóch księży z innych parafii. Wiadomo, że jeden z pokrzywdzonych duchownych udzielił ówczesnemu proboszczowi parafii Św. Ducha pożyczki w wysokości 10 tys. zł na prace konserwatorskie przy ołtarzu głównym kościoła. Ksiądz Franciszek A. zniknął w maju 2006 roku wraz z pieniędzmi otrzymanymi na remont kościoła, pochodzącymi z kredytu bankowego oraz pożyczek i darowizn od parafian i innych księży. Śledztwo wszczęto kilka miesięcy później po publikacjach prasowych i doniesieniach pokrzywdzonych duchownych. W sierpniu ubiegłego roku prokuratura wysłała za duchownym list gończy. Miejsce pobytu księdza przez wiele miesięcy było nieznane. Wiadomo, że przez pewien czas był za granicą; niektóre media sugerowały, że widziany był w Anglii. Jak ustalono, od dłuższego jednak czasu ksiądz przebywał już w Polsce. Po ujawnieniu afery w Łowiczu odbyło się specjalne nabożeństwo w intencji przebłagania za wszelkie zło i grzechy biskupów oraz kapłanów, znane i nieznane publiczne. Wzięło z nim udział niemal 200 księży oraz mieszkańcy Łowicza.