Po powrocie do kraju dostał się Wydział Reżyserii Dramatu PWST w Krakowie, gdzie studiował w latach 1989-1993. W tym czasie ogromny wpływ na młodego reżysera wywarła osobowość jego nauczyciela, Krystiana Lupy, któremu asystował przy realizacji spektaklu Malte albo Tryptyk marnotrawnego syna wg R.M. Rilkego w Starym Teatrze w Krakowie (1991). Obok niego, do swoich mistrzów Warlikowski zalicza najwybitniejsze osobowości teatru powojennego: Petera Brooka, Ingmara Bergmana i Giorgio Strehlera, z którymi zetknął się osobiście podczas prowadzonych przez nich warsztatów. Brook zaprosił go do współpracy przy realizacji opery Impressions de Pelleas wg Peleasa i Melisandy C. Debussy'ego w paryskim teatrze Bouffes du Nord (1992-1993). Premiera dyplomowego spektaklu w reżyserii Krzysztofa Warlikowskiego miała miejsce w roku 1992 – była to adaptacja powieści E. Canettiego Auto da fé. Pierwsze prace reżyserskie Warlikowskiego – Białe noce wg F. Dostojewskiego (PWST w Krakowie, 1992), Markiza O. H. von Kleista (Stary Teatr w Krakowie, 1993) nie zapowiadały czekającej reżysera popularności. Jego nazwisko stało się głośne po premierze dramatu Bernarda-Marie Koltesa Roberto Zucco (Teatr Nowy w Poznaniu, 1995). Ta kontrowersyjna opowieść o losach mordercy przyniosła Warlikowskiemu rozgłos i miano scenicznego prowokatora. Do Koltesa reżyser wrócił po kilku latach, realizując dwukrotnie jego Zachodnie wybrzeże (Teatr Gavela w Zagrzebiu oraz Teatr Studio im. S.I. Witkiewicza w Warszawie, obie inscenizacje z 1998 roku). Jednak to nie dramaturgia współczesna miała stać się wieloletnią fascynacją młodego reżysera. Warlikowski odpowiedzi na jak najbardziej współczesne pytania dotyczące kondycji ludzkiej od lat szuka w dziełach klasyki teatralnej. Początkowo był to teatr antyczny - pierwszym dramatem antycznym zainscenizowanym przez Warlikowskiego były Fenicjanki Eurypidesa z Municipal Theater w Beer Sheva z 1998 roku; jego Elektra (1997), przygotowana została w Teatrze Dramatycznym w Warszawie w kontekście konfliktu na Bałkanach, do jednego z najlepszych zalicza się też Bachantki Eurypidesa, zrealizowane w warszawskich Rozmaitościach w 2001 roku - jednak ostatecznie jednym z najważniejszych autorów stał się dla niego Shakespeare, po którego dramaty sięgał Warlikowski wielokrotnie. Kupca weneckiego zrealizował jeszcze w 1994 roku w Teatrze im. W. Horzycy w Toruniu. Potem przyszła kolej na Zimową opowieść (Teatr Nowy w Poznaniu, 1997) i głośne Poskromienie złośnicy (Teatr dramatyczny w Warszawie, 1998). Warlikowski czyta klasyczne dramaty oryginalnie, niesztampowo i w pełni współcześnie, czyniąc z bohaterów postaci w równej mierze tragiczne, co bliskie jego widowni. W tym czasie reżyser został zaproszony do współpracy przez Grzegorza Jarzynę, dyrektora artystycznego Teatru Rozmaitości. Następne spektakle okazały się jednocześnie kolejnymi znaczącymi sukcesami reżysera. W 2003 roku Warlikowski specjalnie na zamówienie Festiwalu Awiniońskiego przygotował Dybuka na podstawie dramatu Dybuk Szymona An-skiego i noweli Hanny Krall pod tym samym tytułem (koprodukcja: wrocławski Teatr Współczesny, Teatr Rozmaitości w Warszawie, Festival d'Avignon, THEOREM). W 2005 roku jako koprodukcja Teatru Rozmaitości w Warszawie i Starego Teatru w Krakowie powstaje Krum H. Levina, a w 2007 - Anioły w Ameryce T. Kushnera. Równocześnie z pracami w teatrze słowa, Warlikowski coraz częściej inscenizuje opery. W 2000 roku zadebiutował kameralną jednoaktówką the Music Programme/Kurs muzyczny Roxanny Panufnik (koprodukcja BOC Covent Garden Festival w Londynie i Opery Narodowej - Teatru Wielkiego w Warszawie). Wyreżyserował także w Operze Narodowej - Teatrze Wielkim: Don Carlosa G. Verdiego (2000), Ignoranta i szaleńca P. Mykietyna (2001), Tattooed Tongues M. Paddinga (koprodukcja z Stichting Geest Gronden CC), Ubu Rex K. Pendereckiego (2003), kontrowersyjnego Wozzecka A. Berga (2006). W ostatnich latach inscenizacje operowe Warlikowskiego coraz częściej powstają za granicą. W Operze Paryskiej pokazane zostały Ifigenia na Taurydzie Ch.W.Glucka (2006), Sprawa Makropulos Janačka (2007) i Król Roger Szymanowskiego (2009), w Monachium zaś - Eugeniusz Oniegin (Bayerische Staatsoper, 2007). Krzysztof Warlikowski od lat współpracuje z tymi samymi twórcami - Małgorzatą Szczęśniak, która przygotowuje scenografię i Pawłem Mykietynem - autorem muzyki do większości spektakli reżysera. Jest laureatem licznych nagród i wyróżnień, m.in. Nagrody Francuskiego Związku Krytyków Teatru dla Oczyszczonych, najwybitniejszego przedstawienia obcojęzycznego w sezonie 2002/2003 we Francji (2003); nagrody za popularyzację polskiej kultury teatralnej za granicą przyznanej przez Sekcję Krytyków Teatralnych Polskiego Ośrodka ITI (2003); nagrody Laur Konrada dla spektaklu Oczyszczeni na VI Festiwalu Sztuki Reżyserskiej "Interpretacje" w Katowicach (2003); Paszportu "Polityki" za rok 2002 w kategorii teatr, "za osiągnięcia nie tylko ostatniego sezonu, ale przede wszystkim za przywracanie wiary w artystyczne i etyczne posłannictwo teatru" (2003); Dyplomu Ministra Spraw Zagranicznych za wybitne zasługi dla promocji Polski w świecie w (2004), francuskiego Orderu Kawalera Kultury (2004), nagrody im. Konrada Swinarskiego - przyznawanej przez redakcję miesięcznika "Teatr" - dla najlepszego reżysera sezonu 2006/2007 za reżyserię przedstawienia Anioły w Ameryce Tony'ego Kushnera w TR Warszawa (2007).