Uroczystości rozpoczęła msza św. w kościele sióstr Norbertanek w Krakowie. Uczestniczyli w niej m.in. prezydent RP Bronisław Komorowski, marszałek Senatu Bogdan Borusewicz, minister spraw wewnętrznych Bartłomiej Sienkiewicz, szef Kancelarii Premiera Jacek Cichocki. Krzysztofa Kozłowskiego żegnała rodzina, przyjaciele, współpracownicy z "Tygodnika Powszechnego", władze Krakowa i Małopolski, przedstawiciele służb, które Kozłowski współtworzył, jako minister i pierwszy szef Urzędu Ochrony Państwa. Trumna z ciałem Krzysztofa Kozłowskiego przykryta była biało-czerwoną flagą, a posterunek pełnili przy niej reprezentanci policji, straży granicznej i pożarnej, BOR i GROM. Mszy przewodniczył kard. Franciszek Macharski. Jak podkreślił w homilii bp Grzegorz Ryś, Krzysztof Kozłowski miał "pasję poznawania ludzi, bez ocen, bez łatwego osądu?. - Taki był, takie było jego życie i działanie przy Okrągłym Stole i w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych. Ale i taka była jego wcześniejsza droga w "Znaku" i w "Tygodniku Powszechnym" - powiedział biskup pomocniczy archidiecezji krakowskiej. Jak podkreślił, Krzysztof Kozłowski był jednym z tych, którzy po przełomie 1989 r. chcieli budować Polskę "bez nienawiści i chęci odwetu" i jako minister nie sięgnął po metody poprzedników. B. premier Tadeusz Mazowiecki podkreślał zasługi i skromność Krzysztofa Kozłowskiego, filozofa i intelektualisty, któremu w kierowanym przez siebie rządzie powierzył tekę ministra spraw wewnętrznych. - Nie czuję się winny wobec "Tygodnika Powszechnego", że zabrałem mu wtedy Krzysztofa. Potrzebowała go Polska. Myślę, że on to dobrze zrozumiał i ta świadomość dawała mu siłę, gdy znalazł się najpierw sam jeden w resorcie, który miał rozminowywać - powiedział Mazowiecki. Według Mazowieckiego Kozłowski polubił pracę w MSW i UOP, szanował funkcjonariuszy i sam był przez nich szanowany. - Weryfikacja odcedziła winnych brutalnych represji wobec opozycji demokratycznej i Kościoła, a równocześnie dała nową szansę tym, którzy do gruntu zrozumieli obowiązek lojalności wobec nowego, suwerennego i demokratycznego państwa - mówił Mazowiecki o zmianach wprowadzonych w służbach specjalnych przez Kozłowskiego. - Krzysztof był jednym z twórców III RP, jak mało kto wiedział o warunkach, w jakich się ona rodziła. Jak mało kto pojmował, co dla polskich losów znaczy niepodległy byt państwowy i troska o niego - podkreślił były premier. Tadeusz Mazowiecki przywołał słowa, którymi 14 lat temu Kozłowski żegnał redaktora naczelnego "TP" Jerzego Turowicza: - Jeśli komu otwarta droga do nieba, tym co ojczyźnie służą. Trumna z ciałem Krzysztofa Kozłowskiego została przewieziona na cmentarz na lawecie armatniej ciągniętej przez wojskowy wóz bojowy. W uroczystości uczestniczyły poczty sztandarowe służb mundurowych, Kompania Reprezentacyjna oraz Orkiestra Reprezentacyjna Policji. Ceremonię pogrzebową prowadził metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz. - Krzysztof Kozłowski nie lubił długich mów ani wielkich ceremoniałów, tymczasem żegnamy go z pocztami sztandarowymi z orkiestrą, z salwami, z całym tym przepychem munduru - mówił na cmentarzu szef MSW Bartłomiej Sienkiewicz. Minister, który żegnał Krzysztofa Kozłowskiego w imieniu funkcjonariuszy i cywilnych pracowników resortu oraz tych, którzy przed laty tworzyli podwaliny służb specjalnych, mówił, że ma nadzieję, iż "ten przepych zostanie wybaczony". - Nie ma innego języka ludzi munduru, ludzi twardych obowiązków wobec państwa, żeby wyrazić cześć, honor, pamięć, ale także i żałość. To nasz język - mówił Sienkiewicz i dodał od siebie: - Żegnam swojego mistrza; Krzysztofie, dziękuję ci za wszystko. Minister przekazał rodzinie flagę państwową, którą przykryta była trumna. W imieniu rodziny podziękowania dla ludzi i instytucji za "doświadczoną dobroć", pomoc w leczeniu i wsparcie złożył Damian Kalbarczyk. Krzysztof Kozłowski zmarł 26 marca w Szpitalu Uniwersyteckim w Krakowie. Miał niespełna 82 lata. Przez wiele lat był związany z "Tygodnikiem Powszechnym"; w latach 1965-2007 pełnił funkcję zastępcy redaktora naczelnego tego pisma. Uczestniczył w negocjacjach Okrągłego Stołu. W rządzie Tadeusza Mazowieckiego został w 1990 r. podsekretarzem stanu, a następnie ministrem spraw wewnętrznych. Objął stanowisko przewodniczącego komisji weryfikującej oficerów Służby Bezpieczeństwa, a później pierwszego szefa Urzędu Ochrony Państwa. W latach 1989-2001 Krzysztof Kozłowski był senatorem.