Wielki Czwartek jest także świętem kapłanów, ponieważ tego dnia Chrystus podczas Ostatniej Wieczerzy ustanowił sakrament kapłaństwa. przewodniczył mszy, w której uczestniczyli: prymas Polski kard. Józef Glemp, nuncjusz apostolski w Polsce abp Józef Kowalczyk, sekretarz Episkopatu Polski oraz ponad 400 kapłanów z archidiecezji warszawskiej. Arcybiskup poświęcił też oleje Krzyżma Świętego, a kapłani odnowili przyrzeczenia święceń kapłańskich. Nawiązując do Listu biskupów do kapłanów na Wielki Czwartek, abp Nycz podkreślił, że jest on w tym roku głównym punktem "rozliczenia się z przeszłością, a jednocześnie punktem kulminacyjnym przepraszania Boga i ludzi za wszystkie grzechy i zaniedbania, z tamtym czasem - czasem komunistycznej przeszłości i życia Kościoła oraz ludzi Kościoła, także kapłanów w tamtym okresie". Metropolita warszawski podkreślił, że do tej przeszłości trzeba się odnieść, ale "trzeba tę sprawę załatwić od końca, nawet jeżeli będzie bolało, ale w sposób rozumny, uczciwy, sprawiedliwy i zakończyć". Według arcybiskupa Nycza, czasem odnosi się wrażenie, że Kościół ciągle jest pod jakąś presją, jakoby rozliczenie przeszłości, czyli tzw. lustracja, była najważniejszym zdaniem Kościoła. - Nie jest to prawdą. Najważniejszym zadaniem Kościoła jest głoszenie Ewangelii i niesienie zbawienia dzisiejszemu człowiekowi - podkreślił metropolita warszawski. Abp Nycz zaznaczył, że wracając do problemu rozliczenia z przeszłością w Wielki Czwartek, Kościół chce z całą troską - pamięci, modlitwy i odpowiedzialności - popatrzeć na przeszłość Kościoła w całym kontekście martyrologii czasów komunistycznych, w całym bohaterstwie kapłanów i to nie tylko tak radykalnie i tak dramatycznie prześladowanych, jak ks. Jerzy Popiełuszko czy prymas kardynał Stefan Wyszyński. - Chcemy popatrzeć w kontekście kapłanów, którzy życie oddali - tych, którzy byli prześladowani, inwigilowani, którym przeszkadzano budować kościoły, którym przeszkadzano prowadzić katechizację wyrzuconą ze szkół. Dopiero w tym kontekście wolno nam patrzeć na tych, którzy czasem nie zdali z heroizmu, który był wobec nich wymagany - mówił metropolita warszawski. Abp Nycz przypomniał przy tej okazji, że w gronie dwunastu apostołów, kiedy przyszedł czas próby w czasie męki i śmierci Chrystusa, też nie wszyscy zdali egzamin. Zawiodło przynajmniej dwóch: Piotr się zaparł Chrystusa, Judasz sprzedał i zdradził. - Ale nikt nie mówi i nie wolno nikomu mówić, wyciągając wnioski na podstawie tych dwóch apostołów, że całe kolegium apostolskie zawiodło - podkreślił arcybiskup. Dodał, że my dzisiaj miotamy się gdzieś między dwoma skrajnościami - postawą Piotra i Judasza". - Jest to więc - jak zaznaczył abp Nycz - próba szukania tej właściwej drogi - drogi zamknięcia tej przeszłości, bez którego to zamknięcia ciągle będziemy stać w miejscu, zamiast iść do przodu. Nawiązując do kapłaństwa, abp Nycz podkreślił, że prawda o służebnym kapłaństwie dla Kościoła, dla ludu Bożego, stale musi być przypominana. Dodał, że "każdy kapłan z ludu wzięty dla ludu jest ustanowiony". Abp Nycz wezwał kapłanów do modlitwy za cały Kościół warszawski i za niego - nowego biskupa warszawskiego, by razem "pochylić się nad tym wszystkim, co im powierza Bóg".