Konstytucja nazywa prezydenta "najwyższym zwierzchnikiem" sił zbrojnych, jednak i ustawa zasadnicza, i inne akty prawne przewidują, że prezydent podejmuje decyzje związane z obronnością na wniosek premiera, całego rządu lub ministra obrony. - Zwierzchnictwo prezydenta ma na celu zapewnienie zasad ustrojowych: apolityczności wojska oraz cywilnej i demokratycznej kontroli nad nim - powiedział konstytucjonalista dr Ryszard Piotrowski. Zaznaczył, że "nie uchyla to jednak zasady, że Rada Ministrów sprawuje ogólne kierownictwo w dziedzinie obronności kraju". Zgodnie z konstytucją w czasie pokoju zwierzchnictwo nad armią prezydent sprawuje za pośrednictwem ministra obrony. Prezydent mianuje szefa Sztabu Generalnego i dowódców rodzajów sił zbrojnych. W czasie wojny - na wniosek premiera - mianuje naczelnego dowódcę sił zbrojnych. To prezydent - zgodnie z konstytucją - zarządza powszechną mobilizację, ale robi to na wniosek premiera. Kompetencje prezydenta związane ze zwierzchnictwem nad wojskiem określa także ustawa o powszechnym obowiązku obrony. Według jej zapisów prezydent - na wniosek premiera - zatwierdza strategię bezpieczeństwa narodowego i wydaje - znów na wniosek szefa rządu - dokumenty wykonawcze do tej strategii. Na wniosek rządu prezydent zatwierdza plany ćwiczeń systemu obronnego, a na wniosek ministra obrony określa kierunki rozwoju armii. Może uczestniczyć w odprawach kierowniczej kadry MON i wojska. On też postanawia - na wniosek rządu - o wysłaniu polskich żołnierzy za granicę. W sprawach bezpieczeństwa wewnętrznego i zewnętrznego prezydentowi doradza Rada Bezpieczeństwa Narodowego. Mimo ustawowych zapisów w relacjach między prezydentem jako zwierzchnikiem sił zbrojnych i ministrem obrony dochodziło w przeszłości do napięć. Przed 10 laty, gdy prezydent Aleksander Kwaśniewski wręczał nominacje generalskie 15 sierpnia, na uroczystość nie przybył minister obrony Bronisław Komorowski. Jego nieobecność interpretowano jako wyraz dezaprobaty dla faktu, że prezydent nie uwzględnił wszystkich wniosków o generalskie awanse. Na linii Kancelaria Prezydenta - MON iskrzyło też kilkakrotnie za prezydentury Lecha Kaczyńskiego. Negocjacji wymagała m.in. kwestia awansów i nominacji generalskich. W sierpniu 2008 prezydent zaakceptował wnioski dla ośmiu z 12 zgłoszonych przez MON; kilka miesięcy wcześniej zgodził się na trzy spośród 15. W kwietniu ubiegłego roku prezydent odesłał do poprawienia przygotowany przez rząd projekt postanowienia dot. zwiększenia polskiego kontyngentu wojskowego w Afganistanie. Jak wyjaśniał Lech Kaczyński, we wniosku niewłaściwie określono liczbę żołnierzy. Dyskusja o kompetencjach prezydenta i szefa MON rozgorzała także w ubiegłym roku, gdy szef prezydenckiego BBN Aleksander Szczygło ocenił, że nie ma podstaw formalnoprawnych do prac nad programem rozwoju armii na lata 2009-2018, bo prezydent nie zaakceptował głównych kierunków zmian, a niektóre ministerstwa, w tym finansów, nie przekazały swoich danych. Ośrodek prezydencki wyrażał też dystans wobec zapowiedzi reformy emerytalnej w wojsku.