Podczas drugiego czytania projektu w Sejmie dwie poprawki zgłosił klub PO, jedną - klub PiS. Wprowadzenie procedury odwoławczej dla aptek po kontroli NFZ przewiduje poprawka zgłoszona przez klub PO. Kolejna zakłada abolicję dla aptekarzy dotyczącą realizacji nieprawidłowo wystawionych recept. Abolicja dotyczy recept wystawionych przed dniem wejścia w życie proponowanej nowelizacji. Umorzone mają zostać rozpoczęte w tej sprawie postępowania. Abolicję oraz umorzenie wszczętych postępowań zakładała także poprawka PiS. Podczas omawiania poprawek dotyczących abolicji przedstawiciele Naczelnej Rady Aptekarskiej oraz posłowie PiS zgłosili wątpliwość, czy obejmie ona także rozporządzenie ws. recept, czyli np. recepty z przystawioną pieczątką "Refundacja do decyzji NFZ". W myśl rozporządzenia na awersie recepty mogą znaleźć się tylko dopiski: "cito" oraz "Nie zamieniać", natomiast nie powinno być tam żadnych informacji niezwiązanych z przeznaczeniem recepty. Dyrektor departamentu prawnego MZ Władysław Puzoń zapewnił, że ta poprawka odnosi się również do rozporządzenia. Jednak nie rozwiało to wątpliwości aptekarzy. Prezes Naczelnej Rady Aptekarskiej Grzegorz Kucharewicz zapowiedział, że "trzeba się przyjrzeć tej poprawce" i dodał, że ewentualne zmiany mogą być wprowadzone we wniosku mniejszości lub w Senacie. Poprawki realizują część postulatów Naczelnej Rady Aptekarskiej. Domaga się ona także skreślenia zapisu, który mówi o tym, że farmaceuta jest zobowiązany do zwrotu kwoty refundacji w przypadku każdego naruszenia rozporządzenia ws. recept. NRA zaznacza, że to rozwiązanie byłoby równorzędne z zapisami niekarania lekarzy za niewłaściwie wypisane recepty. NRA w czwartek wezwała aptekarzy, by nie realizowali recept z jakimikolwiek błędami formalnymi, ani z dodatkowymi znakami, w tym z pieczątkami "Refundacja do decyzji NFZ". Nowelizacja ustawy refundacyjnej uchyla zapisy przewidujące kary dla lekarzy, którzy niewłaściwie wypisują recepty. Zgodnie z nowelą, z ustawy refundacyjnej zostanie usunięty ustęp 8 art. 48. Przewidywał on, że jeśli lekarz błędnie wypisze receptę, będzie zobowiązany do zwrotu kwoty nienależnej refundacji wraz z odsetkami. Chodzi o przypadki wypisania recepty np. nieuzasadnionej względami medycznymi lub niezgodnej z listą leków refundowanych, a także niezgodnie z uprawnieniami pacjenta. Lekarze, którzy do chwili wejścia w życie nowych przepisów wystawili taką receptę, będą objęci abolicją. Ministerstwo Zdrowia proponuje też zmianę rozporządzenia ws. recept. Lekarze nie musieliby wpisywać na recepcie poziomu odpłatności za leki mające jeden poziom refundacji. Leków, które będą wymagały wpisania przez lekarza na recepcie poziomu refundacji, będzie ok. 200. Takich rozwiązań domagały się organizacje medyków, którzy prowadzą protest pieczątkowy oraz Naczelna Rada Lekarska. Jednak OZZL i Porozumienie Zielonogórskie podkreślają, że zawieszą protest dopiero wtedy, kiedy znany będzie harmonogram wprowadzania zmian. W projekcie noweli ustawy refundacyjnej wprowadzono też możliwość ogłaszania kolejnych obwieszczeń z listą leków refundowanych "co najmniej raz na dwa miesiące", czyli częściej niż według obecnych przepisów przewidujących sztywny termin - "co dwa miesiące". Istotną zmianą jest także wprowadzenie możliwości objęcia refundacją leku, który ma wskazania do stosowania, dawkowania lub sposobu podawania inne niż jest to określone w jego charakterystyce. Zmieniono także sposób naliczania marży detalicznej dla leków i środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego sprowadzanych z zagranicy. Chodzi o tzw. import docelowy leku dla konkretnego pacjenta, realizowany na podstawie szczegółowych i zweryfikowanych zaleceń lekarza. Zrównano marżę detaliczną dla tych leków z marżą detaliczną obowiązującą dla pozostałych rodzajów leków, dzięki czemu pacjenci mają mieć większy dostęp do tych środków. Zgodnie z projektem, charakterystyki leków refundowanych będą publikowane na stronie Urzędu Rejestracji Produktów Leczniczych, Wyrobów Medycznych i Produktów Biobójczych oraz w Biuletynie Informacji Publicznej.