CBA od października 2010 r. analizowało szczegółowo działalność Komisji Majątkowej. Wątpliwości wzbudził m.in. fakt przekazywania nieruchomości instytucjom, które nie miały prawa do ich posiadania, a także zwracania nieruchomości, które nie powinny być zwracane w myśl obowiązujących przepisów. Agenci biura ustalili też, że mogło dochodzić do sporządzania wycen zwracanego majątku z naruszeniem prawa. Pod koniec lutego szef CBA Paweł Wojtunik powiadomił prokuratora generalnego Andrzeja Seremeta o 11 takich przypadkach. Zdecydowano wówczas, że zawiadomienie CBA trafi do pięciu prokuratur apelacyjnych: w Rzeszowie, Lublinie, Krakowie, Katowicach i Gdańsku. "Funkcjonariusze Centralnego Biura Antykorupcyjnego nadal analizują orzeczenia Komisji Majątkowej. Nie wykluczamy innych zawiadomień o podejrzeniu popełnienia przestępstw skierowanych do prokuratora generalnego" - powiedział w poniedziałek PAP rzecznik CBA. Komisja Majątkowa przestała istnieć z początkiem marca tego roku, po wejściu w życie nowelizacji ustawy o stosunku państwa do Kościoła katolickiego. Komisja działała przez ponad 20 lat. Rozpatrywała wnioski dotyczące przywrócenia lub przekazania własności nieruchomości lub ich części. W jej 12-osobowym składzie zasiadało po sześciu przedstawicieli MSWiA i sekretariatu Konferencji Episkopatu Polski. W przygotowanym dla MSWiA sprawozdaniu komisja ujawniła, że w czasie 20 lat swej pracy przekazała stronie kościelnej - w ramach rekompensat i odszkodowań - ponad 65 tys. 537 ha i ponad 143, 5 mln zł. Do rozpatrzenia w sądach pozostało 216 spraw. W sumie do komisji trafiły 3063 wnioski o wszczęcie postępowania; komisja zatwierdziła 1486 ugód przywracających lub przekazujących własność kościelnym osobom prawnym, wydano 990 orzeczeń przywracających lub przekazujących własność, 666 spraw zakończono oddaleniem wniosków, a w 136 przypadkach komisja nie uzgodniła orzeczenia. Komisja była wielokrotnie krytykowana m.in. za to, że większość decyzji zapadała bez konsultacji z samorządami czy zarządcami nieruchomości, którzy nie mieli prawa do odwołania się. Media donosiły też, że nie weryfikowano wycen gruntów przedstawianych przez rzeczoznawców Kościoła - miały być one zaniżane. Nowelizację przewidującą likwidację komisji rząd przyjął w końcu listopada ubiegłego roku. Przedstawiając projekt argumentował, że likwidacja Komisji Majątkowej spowoduje, że budżet państwa zaoszczędzi 900 tys. zł, a sądom do rozstrzygnięcia pozostanie niewiele, bo ok. 220 niezałatwionych dotąd w Komisji spraw. Od początku działalności Komisja rozpatrzyła ok. 2,8 tys. spraw.