Według źródła IAR, dymisja prof. Szwagrzyka została złożona "z datą wykonalności na koniec lutego". O rezygnacji wiceszefa Instytutu, odpowiedzialnego za poszukiwania ofiar terroru komunistycznego, jako pierwszy poinformował portal niezależna.pl.Według serwisu, powodem dymisji ma być m.in. blokowanie prac związanych z identyfikacją genetyczną żołnierzy podziemia antykomunistycznego pomordowanych przez komunistów.Jak przekazał prof. Jan Draus, Kolegium będzie chciało poznać szczegóły sprawy. "Sądzę, że Kolegium będzie starało się wysłuchać obu stron - zarówno prezesa, jak i wiceprezesa, który złożył dymisję. Chcielibyśmy poznać jakąś argumentację. Czy Kolegium zajmie stanowisko, to musi być jego wola. Myślę, że taka wola będzie i Kolegium będzie starać się zawsze działać dla dobra Instytutu Pamięci Narodowej" - powiedział prof. Jan Draus. Przewodniczący Kolegium IPN zaznaczył, że ten organ "nie jest stroną" w tej sprawie, a decyzje dotyczące obsady kierownictwa Instytutu podejmuje jego prezes. "Kolegium tylko wydaje opinie" - wyjaśnił prof. Jan Draus. Prof. Krzysztof Szwagrzyk funkcję wiceszefa IPN pełni od lipca 2016 roku. Jednocześnie jest też pełniącym obowiązki Dyrektora Biura Poszukiwań i Identyfikacji. Zespół pod jego kierunkiem od 2012 roku prowadzi prace w Kwaterze "Ł" Wojskowych Powązek w Warszawie, gdzie komuniści potajemnie grzebali w latach 40. i 50. żołnierzy i działaczy podziemia. W wyniku prac z lat 2012-2013, ekipa profesora Szwagrzyka odnalazła 202 osoby, z czego zidentyfikowano 50 uczestników antykomunistycznego ruchu oporu. Natomiast w trakcie prac prowadzonych we wrześniu 2016 roku wydobyto kilkadziesiąt fragmentów szczątków ludzkich.Zespół pod kierunkiem prof. Krzysztofa Szwagrzyka odnalazł w Warszawie szczątki m.in. mjr. Zygmunta Szendzielarza "Łupaszki", mjr. Hieronima Dekutowskiego "Zapory", czy ostatniego komendanta głównego NSZ ppłk. Stanisława Kasznicy. Z kolei podczas prac na cmentarzu w Gdańsku ekipa wiceprezesa IPN znalazła szczątki Danuty Siedzikówny "Inki" i ppor. Feliksa Selmanowicza "Zagończyka".