Poprawki zgłosili posłowie PiS, PO, Kukiz'15 i Nowoczesnej. Klub PSL oświadczył, że nie widzi możliwości poparcia projektu, który - zdaniem większości parlamentarnej - miałby wejść w życie od 15 kwietnia.Nowa procedura karna, która weszła w życie w lipcu 2015 r., zmieniła filozofię prowadzenia procesu. Uczyniła ona sędziego bezstronnym arbitrem rozsądzającym spór między oskarżycielem a obroną - nosi to nazwę kontradyktoryjności, w miejsce wcześniejszego modelu tzw. inkwizycyjności, gdy na sądzie ciąży inicjatywa dowodowa w postaci przesłuchiwania świadków i zbierania dowodów. Resort sprawiedliwości pod kierownictwem Zbigniewa Ziobry od początku krytycznie oceniał tę reformę i zapowiadał odejście od niej. Projekt trafił do prac sejmowych, a tam rząd zgłosił do niego około 40 autopoprawek. Protestowała przeciw temu m.in. Helsińska Fundacja Praw Człowieka wskazując, że poprawki wprowadzone do projektu na tym etapie mogą naruszać konstytucję oraz zasady prawidłowej legislacji. "Nie ma żadnej obawy o naruszenie praw obywatelskich" - zapewnił w odpowiedzi wiceminister sprawiedliwości Marcin Warchoł. Projekt w pierwotnym brzmieniu m.in. usuwał przepis, który od lipca 2015 r. stanowił, że niedopuszczalne jest przeprowadzenie i wykorzystanie dowodu uzyskanego do celów postępowania karnego za pomocą czynu zabronionego (tzw. owoce zatrutego drzewa, czyli np. nielegalne podsłuchy lub dowody zebrane w operacji specjalnej tajnych służb z naruszeniem przepisów). Prawnicy wskazywali, że już przed lipcem 2015 r., gdy w ustawie nie było wyrażonego takiego zakazu wprost, sędziowie i tak mogli pomijać takie dowody. W projekcie po pracach komisji zaakceptowano natomiast poprawkę, która dodała zapis mówiący, że "dowodu nie można uznać za niedopuszczalny wyłącznie na tej podstawie, że został uzyskany z naruszeniem przepisów postępowania lub za pomocą czynu zabronionego". Wyjątkiem mają być wyłącznie dowody uzyskane "w związku z pełnieniem przez funkcjonariusza publicznego obowiązków służbowych, w wyniku: zabójstwa, umyślnego spowodowania uszczerbku na zdrowiu lub pozbawienia wolności". W czwartkowej debacie w Sejmie podczas drugiego czytania Andrzej Matusiewicz (PiS) popierając projekt zgłosił do niego kolejne poprawki. "Nowela daje prokuratorom większą możliwość ścigania przestępstw. Mamy wielu młodych i zdolnych prokuratorów. Dajmy szansę się im wykazać, szansę na awans zawodowy" - apelował. Jego zdaniem nawet mimo kontradyktoryjnej reformy procesu karnego z kodeksu nie usunięto zapisu, że ustalenia faktyczne sądu muszą być oparte na prawdzie, dlatego trzeba teraz przywrócić model postępowania przystający do tego zapisu. Oponował też wobec wątpliwości opozycji, że dzięki nowym zapisom do procesu wprowadzi się nielegalne dowody z czynności operacyjnych. "Przecież to sąd wydaje zgodę na czynności operacyjne, więc nawet jeśli w ich toku zostaną ujawnione dowody kolejnych przestępstw, to na końcu sąd oceni wszystko w wyroku" - mówił. Nie zgodził się też z zarzutem, że reforma odwraca wszystko, bo - jak zauważył - w ukształtowanym na nowo w zeszłym roku postępowaniu odwoławczym zmian jest niewiele. Poprawki zgłosił też Arkadiusz Myrcha (PO). "Cofnięcie reformy będzie krokiem wstecz. Sądownictwo to nie plac zabaw, gdzie można w każdej chwili zmieniać zabawki. Kierunek nadany ustawą z 2013 r. był słuszny" - mówił, opowiadając się przeciw propozycji powrotu do modelu inkwizycyjnego. Krytykował też dopuszczenie do procesu nielegalnie pozyskanych dowodów. Jego zdaniem to niebezpiecznie koreluje z nowym kształtem prokuratury PiS pod kierunkiem Zbigniewa Ziobry oraz służb specjalnych koordynowanych przez "ułaskawionego Mariusza Kamińskiego". Jerzy Jachnik (Kukiz'15) także zgłosił 6 poprawek. "Dziękujemy ministerstwu i posłowi sprawozdawcy za wkład pracy, ale w gruncie rzeczy to treść kodeksu jest taka jak przed zmianami - plus rzeczy wygodne tylko dla prokuratury. A procesy ciągną się latami, ale to dlatego, że sędziowie mają na biegu po kilkadziesiąt spraw i nawet nie są w stanie się do nich porządnie przygotować" - mówił. Według jego klubu ważniejsza byłaby zmiana w kwestii jawności posiedzeń, ich nagrywanie i udział w nich organizacji pozarządowych. Mirosław Pampuch (N) miał 27 poprawek do projektu. Poseł uznał za niedopuszczalne, że na etapie pracy w komisji do rządowego projekt sam rząd miał do niego około 40 poprawek. "Czy jest to prawidłowy proces legislacyjny? Wiele poprawek to nie powrót do okresu sprzed reformy, lecz powrót do państwa policyjnego, wielkie pole do nadużyć. Pod pretekstem nowelizacji rząd wprowadza niekonstytucyjne poprawki. Zalegalizowano nielegalne podsłuchy" - mówił. "Dziwi aprobata dla pozyskiwania tzw. owoców z zatrutego drzewa. Czym kierował się rząd, rezygnując z sądowej kontroli nad podsłuchami uzyskanymi nielegalnie? To nie ma nic wspólnego z rzetelnym procesem. Czy tak powinno działać państwo prawa?" - dodał poseł. Krzysztof Paszyk (PSL) podkreślając konstytucyjną zasadę zaufania do państwa i stanowionego przez nie prawa uzasadniał cytatem z b. Rzecznika Praw Obywatelskich dr. Janusza Kochanowskiego. "Prace nad procedurą karną komisja kodyfikacyjna prowadziła wiele lat. Projekt poddano szerokiej konsultacji" - zauważył dodając, że projekt rządu nie jest nowelizacją, lecz niweczy całą reformę. Nie jest możliwe, żeby taką zmianę wprowadzać w tak krótkim czasie. Według PSL wejście w życie zmian istotnie skomplikuje stan prawny. To podważa powagę wymiaru sprawiedliwości i godzi w słuszny interes obywateli. Klub PSL nie widzi możliwości, by poprzeć ten projekt. Do krytyki nowych rozwiązań odniósł się na koniec debaty wiceminister sprawiedliwości Patryk Jaki. Powtórzył argument resortu, że poprzedni model kontradyktoryjny się nie sprawdził, bo był oparty na sporze między adwokatem a obywatelem. "A my chcemy powrócić do zasady, że od sporu ważniejsza jest prawda. Jestem przekonany, że większość obywateli powie dokładnie tak samo jak ja" - powiedział.