Karpiński podkreślał podczas posiedzenia sejmowej komisji administracji i cyfryzacji, że rządowi zależy na osiągnięciu porozumienia z wszystkimi Kościołami i związkami wyznaniowymi. Przypomniał, że rozmowy w tej sprawie prowadzone są od ponad roku. Strona rządowa osiągnęła porozumienie ws. odpisu z Kościołem katolickim. Kompromis w tej sprawie zakłada, że dobrowolny odpis podatkowy, m.in. na Kościół katolicki, będzie wynosił - 0,5 proc. Początkowo rząd proponował - 0,3 proc. Ustalenia te zaakceptowała Konferencja Episkopatu Polski, a także rząd. Jednak część mniejszych Kościołów i związków wyznaniowych wyraża zastrzeżenia do rządowej propozycji. Stanowczo sprzeciwia się jej Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny. Przedstawiciel tego Kościoła bp Jerzy mówił podczas posiedzenia komisji, że proponowany przez rząd odpis nie pozwoli na pokrycie kosztów ubezpieczenia społecznego duchownych. Dodał, że większość wiernych Kościoła prawosławnego to osoby niezamożne, mieszkające na wsiach. Bp Jerzy przypomniał także, że w czasach PRL Kościół prawosławny stracił 400 tys. ha gruntów i do tej pory nie otrzymał całościowej rekompensaty. Kościół prawosławny chce innego rozwiązania niż odpis podatkowy, np. zapisanej w ustawie stałej subwencji. Henryk Kozłowski ze Związku Gmin Wyznaniowych Żydowskich podkreślał, że w rządowej propozycji obawy budzi możliwość ujawniania przynależności wyznaniowej przy dokonywaniu odpisu w deklaracjach podatkowych. Dodał, że z powodów historycznych wiele osób pochodzenia żydowskiego w Polsce obawia się ujawniać swoje wyznanie. Jak mówił, dotyczy to przede wszystkim małych miejscowości. Kozłowski zaznaczył, że gminy żydowskie są gotowe poprzeć odpis podatkowy, jeżeli rząd przedstawi mechanizmy zabezpieczające przed ujawnianiem danych dotyczących wyznania. Odpowiadając na to, wiceminister Karpiński wskazał, że urzędników przyjmujących deklaracje podatkowe obowiązuje tajemnica skarbowa. Dodał, że strona rządowa ponadto rozważa wprowadzenie dodatkowych rozwiązań dot. tej kwestii. Pytany przez posłów o to, czy rząd wprowadzi odpis podatkowy, jeżeli Kościół prawosławny podtrzyma swój sprzeciw, Karpiński odpowiedział: "Wtedy będziemy się zastanawiali. Teraz chcemy doprowadzić do porozumienia". Karpiński podkreślił też, że przez trzy lata po wprowadzeniu odpisu podatkowego rząd będzie wyrównywał Kościołom ewentualną różnicę pomiędzy obecną dotacją z Funduszu Kościelnego. Zaznaczył również, że w 2016 r. ma zostać dokonane podsumowanie funkcjonowania odpisu i ewentualna korekta. Komisja nie zgodziła się na wniosek SLD o debatę na posiedzeniu plenarnym Sejmu ws. rządowych propozycji i rozmów z Kościołami. Zgodnie z rządową propozycją o przekazaniu odpisu 0,5 proc. na wybrany Kościół lub związek wyznaniowy obywatele mogliby decydować już w 2014 r. - w rozliczeniu PIT za rok 2013. Rozwiązania te mają być oparte na regulacjach dotyczących odpisu 1 proc. podatku dochodowego na rzecz organizacji pożytku publicznego. W latach 2014-2016 państwo ma wyrównywać Kościołom i związkom wyznaniowym różnicę pomiędzy kwotą uzyskaną z odpisu, a wysokością dotacji z budżetu państwa przewidzianą na Fundusz Kościelny w 2013 r., waloryzowaną o wskaźnik inflacji. Zasady zastąpienia Funduszu Kościelnego odpisem podatkowym zostaną określone w ustawie. Zgodnie z projektem założeń do tej ustawy, Kościoły i związki wyznaniowe samodzielnie będą płaciły składki na ubezpieczenie społeczne i zdrowotne duchownych. Płacenie składek ubezpieczeniowych przez wszystkie osoby zatrudnione w formie stosunku pracy (np. przez księży katechetów) będzie się odbywało w taki sam sposób jak obecnie. Upraszczając formę przekazywania części podatku, rząd proponuje, aby osoby starsze i pobierające emerytury mogły deklarować kwoty podatku za pośrednictwem ZUS i KRUS. Możliwość odliczenia 0,5 proc. podatku nie zmieni dotychczasowego odpisu od podatku 1 proc. na organizacje pożytku publicznego. Obecnie z Funduszu Kościelnego - którego likwidację zapowiedział w expose premier Donald Tusk - pokrywane są ubezpieczenia duchownych, którzy nie mają umów o pracę, m.in. misjonarzy i zakonników zakonów kontemplacyjnych.