Przez cały okres PRL wszyscy księża katoliccy byli inwigilowani przez tajne służby. Gromadziły one wszelkie materiały, które mogły być przydatne w zwalczaniu danego księdza lub jego ewentualnym pozyskaniu do współpracy (najczęściej szantażem). Zajmował się tym osławiony IV departament MSW. Jak wynika z akt SB z Instytutu Pamięci Narodowej, po raz pierwszy imię i nazwisko Wojtyły pojawia się w aktach UB w 1946 r. - po rozbiciu przez milicję pochodu 3-majowego, zorganizowanego w Krakowie przez studentów. Wojtyła był wówczas wiceprzewodniczącym studenckiej organizacji Bratniak. Jako ksiądz Wojtyła pojawia się w aktach UB w 1949 r. - raport bezpieki nazywa go "Wojdyłą" - w kontekście opieki ówczesnego wikarego z krakowskiej parafii św. Floriana nad kółkami ministrantów. Bardziej intensywnie SB zaczęło interesować się Wojtyłą po 1958 r., kiedy został krakowskim biskupem pomocniczym. Założono wtedy wobec niego tzw. sprawę ewidencyjno-obserwacyjną pod kryptonimem "Pedagog". W meldunku z 1958 r. agent "Staniszewski" pisał, jak abp Eugeniusz Baziak uzasadniał wobec kapituły powody powołania na biskupa młodego, mało znanego księdza: "Chciał mieć sufragana do harówki, a nie dla ozdoby tylko () że ks. Wojtyła jest wyszkolony w nowych kierunkach społecznych, zna dobrze komunizm i kwestię robotniczą, więc taki mu był potrzebny". Inwigilacja nasiliła się, gdy w 1962 r. Wojtyła objął metropolię krakowską. W otoczeniu krakowskiej kurii stale działało wtedy kilku zwerbowanych przez SB księży i osób świeckich o kryptonimach: "Rosa", "Torano", "Jurek", "Karol", "Delta", "Marecki", "Ares". Biskup był obserwowany przez agentów nawet podczas słynnych wyjazdów na narty w Tatry. Jeden z raportów SB wyliczał np., że w 1965 r. Wojtyła wygłosił 45 kazań, "w tym jedno wrogie, dwa pozytywne i 42 religijne". Według książki historyka z IPN Marka Lasoty pt. "Donos na Wojtyłę. Karol Wojtyła w teczkach bezpieki" jednym z najcenniejszych agentów wśród krakowskich księży był prałat z parafii św. Mikołaja, sędzia Sądu Prymasowskiego, kapłan o kryptonimach "Żagielowski" i "Torano". Innym agentem księdzem z otoczenia Wojtyły jako biskupa był "Marecki" (także "Dyrektor" i "Tukan"). SB chwaliło się, że ksiądz ten "wykradał kilkakrotnie interesujące dokumenty z kurii". Jeszcze innym agentem SB - rozpracowującym w latach 70. krakowski Kościół, a potem jako agent wywiadu PRL polskich księży w Watykanie oraz Wolną Europę - był "Zbyszek" lub "Karol" - osoba świecka. Ten przedwojenny absolwent prawa jako stalinowski sędzia wydał w Krakowie ponad 60 wyroków śmierci, by potem samemu trafić za łapówki do więzienia, gdzie zresztą donosił na współwięźniów. Po wyjściu rozpracowywał księży i kurię. Chcąc wiedzieć o Wojtyle wszystko, SB przygotowała w 1969 r. dla swych agentów z jego otoczenia "indeks pytań" wobec niego. Obejmował on m.in. kolejność czynności Wojtyły po przebudzeniu, jakich kosmetyków używa, czy klucze od biurek nosi przy sobie, czy gra w brydża, czy lubi alkohol, kto mu robi pranie, a kto prasuje, czy słucha Wolnej Europy, czy lubi teatr, czy choruje, u kogo leczy zęby, czy zbiera znaczki, jakie ma walizki, jaki ma strój sportowy, czy kontaktuje się z rodziną, z kim się przyjaźni. Wojtyła był też podsłuchiwany. Podsłuchy SB umieściło w mieszkaniach na ul. Kanoniczej, Franciszkańskiej oraz w Kurii, a także "Tygodniku Powszechnym", z którym jako biskup był szczególnie związany. Podsłuchy były szczególnie przydatne dla władz w okresie nagonki na Episkopat z okazji listu polskich biskupów do biskupów niemieckich z 1965 r. ze słynnym zwrotem "Przebaczamy i prosimy o przebaczenie". Od początku lat 70. z Krakowa do centrali MSW niemal codziennie szły meldunki o każdym kroku i słowie Wojtyły. Zainteresowanie Wojtyłą SB w tym czasie służyło m.in. długotrwałemu rozgrywaniu przez władze PRL rzekomych różnic między Wojtyłą a prymasem Stefanem Wyszyńskim - kościelni agenci SB mieli za zadanie przeciwstawiać sobie obu hierarchów (którzy mieli świadomość tych działań władzy). Historycy z IPN podkreślają, że choć SB "wprost wyłaziło ze skóry", ich działania przeciw Wojtyle trafiały w próżnię. Zresztą on sam miał świadomość, że jest podsłuchiwany i obserwowany. W meldunku z 1976 r. agent opisywał Wojtyłę jako "dalekowzrocznego polityka", którego "mądrość i autorytet polega m.in. na kapitalnej wręcz umiejętności wykorzystania potencjału naukowego, jaki znajduje się w dyspozycji kościoła w Krakowie". W meldunkach pojawiają się domysły o możliwości kandydowania Wojtyły na papieski tron. Wybór Wojtyły na papieża w październiku 1978 r. zmusił służby tajne PRL do zwiększenia ich zainteresowania, przy jednoczesnym przeniesieniu działań do Watykanu. W mediach wielokrotnie pisano o agentach SB w otoczeniu Jana Pawła II, prowadzonych przez oficerów wywiadu pracujących "pod przykryciem" dyplomatów PRL. Do Watykanu mieli też jeździć oficerowie IV departamentu MSW. Jeszcze w 1966 r. SB dowiedziała się o plotkach w redakcji "TP" na temat rzekomej znajomości Wojtyły z jedną z pracownic redakcji, która przepisywała jego prace i dokumentowała wystąpienia. Opierając się na tych doniesieniach, SB usiłowała jeszcze w 1983 r. zmontować prowokację przeciw Janowi Pawłowi II w ramach operacji "Triangolo". Grzegorz Piotrowski (późniejszy zabójca ks. Jerzego Popiełuszki) miał podrzucić do mieszkania ks. Andrzeja Bardeckiego, ówczesnego asystenta kościelnego "TP", rzekomy pamiętnik pracownicy "TP" na temat jej rzekomego związku z Wojtyłą, który to pamiętnik miał być potem "znaleziony" podczas planowanej rewizji u księdza. Prowokacja się nie udała, bo Piotrowski zdekonspirował swój pobyt w Krakowie, rozbijając po pijanemu służbowe auto, a ksiądz zniszczył prowokacyjne materiały. Podczas operacji "Lato-79", która miała zapewnić "właściwy" przebieg pierwszej pielgrzymki Jana Pawła II do Polski, SB umieściła w bezpośrednim otoczeniu papieża swych dwóch funkcjonariuszy, których wyposażono w akredytacje dziennikarskie Interpressu. Słynne kazanie Jana Pawła II ze słowami "Niech zstąpi duch Twój i odnowi oblicze ziemi. Tej ziemi", SB określiła zaś jako "zawierające elementy wiecowania i podteksty natury politycznej". Od czerwca 2006 r. pion śledczy IPN w Katowicach prowadzi śledztwo ws. domniemanego "polskiego śladu" w zamachu na Jana Pawła II z maja 1981 r., gdy na placu Świętego Piotra do papieża strzelał turecki terrorysta Mehmet Ali Agca. Śledztwo ma się wkrótce zakończyć umorzeniem. IPN wiele razy podawał, że nie ma bezpośrednich dowodów na udział SB w zamachu, są natomiast ślady i poszlaki, które wskazują, że polskie służby mogły odegrać w zamachu rolę "inspirującą i pomocniczą"; uczestniczyły też w dostarczaniu do Moskwy informacji na temat papieża. Łukasz Starzewski