Według dziennikarzy 5 lipca 2007 roku Janusz Kaczmarek dowiedział się od ówczesnego ministra sprawiedliwości Zbigniewa Ziobry, że następnego dnia Andrzejowi Lepperowi ma zostać wręczona kontrolowana łapówka. Jako prokurator doskonale zdawał sobie sprawę z faktu, że jeśli akcja CBA zakończy się sukcesem, Lepper trafi do więzienia. Wówczas, by się ratować, będzie mówił o wszystkim, co wie. Na przykład o swoich kontaktach z Ryszardem Krauze, a nawet o związkach szefa Prokomu z... Kaczmarkiem. A to mogłoby szybko zakończyć karierę byłego szefa MSWiA. Z przeprowadzonego przez dziennikarzy śledztwa wynika, że Krauze i Kaczmarek znali się bardzo dobrze i co najmniej od trzech lat regularnie spotykali się w siedzibie Centrum Medycyny Biologicznej w Gdyni, należącego do znajomego szefa Prokomu doktora Władysława R. Co ciekawe R. pochodzi z Rybna - rodzinnej miejscowości żony Kaczmarka, która pracowała w firmie lekarza. W centrum miał też bywać ksiądz Henryk Jankowski. - Przez pierwsze lata Krauze niemal tu mieszkał - mówi świadek, do którego dotarli dziennikarze. - Jak przyjeżdżał, to był cyrk. Pojawiali się ochroniarze, nawet do klatki nie można było wejść. Tu się odbywały zbiórki. Pan Kaczmarek, pan Krauze, czasami i ksiądz Jankowski. Wchodzili do klatki w odstępach półgodzinnych. Oni tu mieli jakby biuro. Nawet ich razem na klatce schodowej widziałem. Wszyscy mieli klucze do tego mieszkania. Widziałem, jak sami sobie otwierali drzwi. Potem siedzieli w środku godzinę, może dwie. Kiedy zobaczyłem w telewizji, jak Kaczmarek mówi, że nigdy się z Krauzem nie spotykał, byłem mocno zaskoczony. Nawet chciałem iść do Centralnego Biura Antykorupcyjnego, ale bałem się, że ktoś mi może świnię podłożyć - opowiada informator. Według mężczyzny spotkania skończyły się, kiedy Kaczmarek został ministrem. W centrum pojawił się jeszcze tylko raz, tuż przed odwołaniem. Wyniósł z mieszkania jakieś torby. - Byłem ciekaw, czy przyjechał z obstawą. A on cyk, cyk, za róg i nic, tak jakby pieszo był, tylko te dwie torby miał i neseser. A dzień czy dwa później okazało się, że jest dymisja, a on jest z rodziną we Włoszech - mówi informator. Wróćmy jednak do Leppera. Szef Samoobrony prosił Jankowskiego o umówienie spotkania z Krauzem. Według dziennikarzy do rozmowy w cztery oczy doszło w 2001 roku w gospodarstwie byłego wicepremiera. Lepper temu zaprzecza, jednak dokładnie w tym samym czasie w jego otoczeniu zaczął pojawiać się bliski znajomy Krauzego, Lech Woszczerowicz. W 2002 roku gdańscy śledczy zaczęli badać aferę kościelnego wydawnictwa Stella Maris. Według "Newsweeka" udało im się zdobyć dowody malwersacji, jakich miał się dopuścić SLD-owski baron Jerzy Jędykiewicz. A Jędykiewicz jest szefem należącej do Krauzego Energobudowy. Kiedy prokuratorzy chcieli aresztować Jędykiewicza napotkali na opór Kaczmarka, który był wówczas szefem gdańskiej Prokuratury Apelacyjnej. Funkcjonariuszom nie udało się przeprowadzić wniosku o rewizję w siedzibie Prokomu i założenia podsłuchów kierownictwu firmy. Grupa prowadząca śledztwo z czasem się rozpadła - jednego z prokuratorów zdymisjonowano, przeciwko innemu wszczęto postępowanie dyscyplinarne. Według dziennikarzy "Newsweeka" i TVN Kaczmarek mógł torpedować to śledztwo. Spotykał się wówczas z Krauzem, ale obaj ukrywali tę znajomość. Kaczmarek nadzorował postępowanie dotyczące interesów imperium szefa Prokomu i gdyby te spotkania wyszły na jaw, jego kariera byłaby skończona. To właśnie chęć ukrycia powiązań z Krauzem mogła być dla Kaczmarka wystarczającym powodem, by ostrzec Leppera.