Kazanie podczas żałobnej mszy zastąpiła cisza i kontemplacja Ewangelii według św. Jana o ukrzyżowaniu Chrystusa. Zarzuca mi się czyny, których nigdy nie popełniłem i znajomości z ludźmi, których nigdy nie znałem - odczytano podczas pogrzebu słowa biskupa, który tak pisał w listach do rodziny. Wesołowski w swoim testamencie pisanym dwa lata przed śmiercią w Watykanie pisał, że pragnie być pochowany w Czorsztynie w ziemi ze skromną płytą nagrobną. Według relacji mieszkańców wsi, rodzina biskupa ofiarowała ziemię pod parafialny cmentarz i kościół. W listach do rodziny, których fragmenty czytano podczas pogrzebu, biskup Wesołowski pisał: "Zachowuję pogodę ducha, dlatego że nie popełniłem tych strasznych czynów, a moja główna wina to nieroztropne spacerowanie nad morzem i kontakty z dziećmi ulicy, którzy okazali się powiązani z handlem narkotykami i prostytucją. Jest prawdą, że pomagałem wielu z nich, odwiedzałem w więzieniu, przygotowywałem do sakramentów (...)". Jest teraz tak trudno to wszystko udowodnić, a trzech z nich oskarża mnie, że zrobiłem im krzywdę" - odczytano fragment listu bp Wesołowskiego do rodziny. Mszę żałobną w kościele w Czorsztynie pw. Matki Bożej Fatimskiej odprawił biskup pomocniczy krakowski Jan Szkodoń. Przed mszą biskup cytował biblijne słowa wypowiedziane przez Jezusa: "Nie sądźcie, bo sami będziecie sądzeni, bo taką miarą jaką wy mierzycie i wam odmierzą". Bp Szkodoń nawoływał do modlitwy różańcowej w czorsztyńskim kościele za zmarłego nuncjusza. Bp Szkodoń cytował także słowa św. Pawła: "Nie daj się zwyciężyć złu, ale zło dobrem zwyciężaj". W uroczystości pogrzebowej uczestniczyło kilkaset osób, w tym wielu księży. Były nuncjusz zmarł na serce Były nuncjusz zmarł na serce 27 sierpnia w Watykanie, gdzie oczekiwał na wznowienie swojego procesu karnego przed tamtejszym trybunałem. Miał zakaz opuszczania terytorium Watykanu. Zanim trumna z ciałem biskupa trafiła do Polski, przez dwa dni była wystawiona w kaplicy Gubernatoratu w Watykanie. Włoska agencja Ansa podawała, powołując się na źródła watykańskie, że Józef Wesołowski został złożony w trumnie ubrany w sutannę i z pierścieniem biskupim. Wcześniej trybunał kanoniczny przy Kongregacji Nauki Wiary wymierzył mu karę wydalenia ze stanu kapłańskiego, a następnie odrzucił złożoną przez arcybiskupa apelację. Dopiero po jego śmierci Watykan poinformował jedynie, że decyzji o odrzuceniu odwołania nie ogłoszono, by "nie pogarszać sytuacji". Oznacza to, że decyzja pozostała nieprawomocna. Wesołowski był pierwszym hierarchą kościelnym, który miał stanąć przed sądem Państwa Watykańskiego w sprawie pedofilii. Proces został otwarty 11 lipca i natychmiast bezterminowo odroczony, ponieważ dzień wcześniej oskarżony trafił na tydzień do szpitala. Proces miał być wznowiony na jesieni. W oficjalnych notach biura prasowego Stolicy Apostolskiej Wesołowski figuruje jako "Jego Ekscelencja arcybiskup". Z kanonicznego punktu widzenia, mimo kary wydalenia do stanu świeckiego, pozostał on w związku z przyjętymi święceniami duchownym i biskupem. Dziennikarze, którzy pytali o to w Watykanie, otrzymali odpowiedź, że duchownym pozostaje się "wiecznie".