To jedyna w roku okazja, aby odwiedzić to jedno z najstarszych miejsc w sanktuarium. Pierwsza krypta w tym miejscu prawdopodobnie powstała w XV w. Swój obecny kształt zawdzięcza przebudowie w XVII wieku Kaplicy Matki Bożej, pod którą jest położona. Przez wiele lat kryptę udostępniano zwiedzającym w oktawę Wszystkich Świętych, między 1 a 8 listopada. Kilka lat temu paulini - gospodarze sanktuarium - zdecydowali się wydłużyć ten czas do miesiąca - ze względu na duże zainteresowanie wiernych i turystów. Jak podało biuro prasowe Jasnej Góry, tak samo jest w tym roku - krypta pozostanie otwarta do końca listopada. Założone w końcu czternastego wieku na Jasnej Górze świątynia i klasztor od początku pełniły także funkcję nekropolii - były miejscem grzebania zasłużonych duchownych i świeckich, a w nowszych czasach również przechowywania pamiątek po polskich bohaterach narodowych i ich szczątków. W krypcie pod Kaplicą Matki Bożej w 36 wykutych w skale niszach grobowych znajdują się szczątki paulinów. Najstarsze kości dawnych mnichów złożono we wspólnym grobie w październiku 1836 r. Później w krypcie pochowani zostali m.in. przeor Jasnej Góry w okresie I wojny światowej i wieloletni generał zakonu paulinów o. Piotr Markiewicz oraz generał zakonu w okresie drugiej wojny o. Pius Przeździecki. Od 1968 r. ojcowie i bracia paulini z jasnogórskiego klasztoru są chowani poza obrębem sanktuarium. Na miejskim cmentarzu św. Rocha znajdują się dwa paulińskie grobowce. Starszy ozdobiony jest wizerunkiem Maryi Jasnogórskiej, nad nowszym (z 1990 r.) góruje figura Chrystusa Zmartwychwstałego. Miejsca pochówku znajdują się także w innych miejscach jasnogórskiego klasztoru. Np. w Kaplicy Matki Bożej jest kilka XVII-wiecznych nagrobków, kryjących szczątki dobrodziejów sanktuarium, m.in. Heleny z książąt Wiśniowieckich Warszyckiej, kasztelanowej krakowskiej i Stanisława Warszyckiego, wojewody mazowieckiego i kasztelana krakowskiego. W najbardziej zaszczytnym miejscu, pod ołtarzem Matki Bożej, złożono szczątki bohatera obrony Jasnej Góry przed szwedzkim potopem, przeora o. Augustyna Kordeckiego. W 1973 r. - z okazji 300. rocznicy jego śmierci - na widok publiczny wystawiono odnalezioną urnę z prochami przeora, którą umieszczono w zaszklonej niszy w tzw. przybudówce, czyli w pierwszej od dziedzica części Kaplicy Cudownego Obrazu. W klasztorze jest też krypta nieudostępniana pielgrzymom - pod jasnogórską bazyliką. Pochowane są tam osoby świeckie z zasłużonych dla kraju i sanktuarium rodów. Trzy lata temu podczas remontu posadzki bazyliki odkryto jeszcze jedną nieznaną wcześniej kryptę z kamienia wapiennego, a w niej cztery unikatowe trumny, tzw. dłubanki. W wydrążonych w pniach drzew trumnach były szczątki czworga dorosłych i dziecka. Okazało się, że to najstarsza na Jasnej Górze krypta pochówkowa, pochodząca prawdopodobnie z okresu zbliżonego do czasu ufundowania tam pierwszego murowanego kościoła - przed 1460 r. Z kolei pod posadzką części chórowej bazyliki natrafiono na pochówki ziemne - najprawdopodobniej z czasu, gdy wokół wcześniejszego kościoła drewnianego istniał cmentarz. Przy jasnogórskiej bazylice znajduje się też Kaplica Świętych Relikwii. W szklanych gablotach pokrywających wszystkie jej ściany znajdują się relikwie świętych i błogosławionych, m.in. Honorata, Kandyda, Filipa Neriusza, Donata, Euzebiusza, a także św. Walentego - patrona zakochanych. Obecnie trwa renowacja tej kaplicy. Ziemia zebrana z pól bitewnych XIX i XX w., powstań narodowych, wojen światowych, a także m.in. Katynia i kopalni "Wujek" przechowywana jest w Kaplicy Pamięci Narodu. Do bazyliki przylegają także dwie prywatne kaplice grobowe: Denhoffów i Jabłonowskich. Kaplica Aniołów Stróżów została przebudowana w połowie XVIII wieku na mauzoleum grobowe Stanisława Jabłonowskiego, wojewody rawskiego. Natomiast Kaplica św. Pawła I Pustelnika to mauzoleum grobowe rodziny Denhoffów. W krypcie pod kaplicą jest ok. 20 trumien z XVII i XVIII w. z prochami członków tej rodziny. Tam także spoczywają prochy kilku mnichów paulińskich. W ostatnich miesiącach zakończyła się renowacja obu kaplic finansowana z unijnych funduszy.