Po studiach pracował m.in. jako copywriter, dziennikarz muzyczny oraz reżyser telewizyjnych talk-show. Pierwszą realizacją Klaty na zawodowej scenie był Rewizor Mikołaja Gogola przygotowany w Teatrze Dramatycznym w Wałbrzychu (2003). Miesiąc później w Teatrze Polskim we Wrocławiu wystawił własną sztukę Uśmiech grejpruta. W 2004 w Stoczni Gdańskiej odbyła się głośna premiera spektaklu H. wg Hamleta Williama Shakespeare'a, zrealizowana przez Teatr Wybrzeże. Od tej pory reżyser stale współpracuje z najciekawszymi scenami teatralnymi w Polsce - m.in.: TR Warszawa, Narodowym Starym Teatrem w Krakowie, Teatrem Polskim we Wrocławiu czy Teatrem Polskim w Bydgoszczy. W 2006 roku reżyser otrzymał Paszport Polityki w kategorii Teatr - nagroda przyznana została za nowatorskie i odważne odczytywanie klasyki oraz za pasję i upór w badaniu narodowych mitów i diagnozowaniu polskiej rzeczywistości. Za świetnie przyjęty spektakl Sprawa Dantona (Teatr Polski we Wrocławiu 2008) Klata otrzymał nagrodę im. Konrada Swinarskiego, laur Konrada na katowickim festiwalu "Interpretacje" oraz nagrodę za reżyserię na Festiwalu Boska Komedia 2008. Na zamówienie Festiwalu Dialog Czterech Kultur w 2009 roku reżyser zrealizował współczesną wersję Ziemi obiecanej według Władysława Reymonta. Reżyser wypracował oryginalny, teatralny styl, oparty na wyrazistym wizualnym skrócie, w którym dużą rolę odgrywają jego rockowo-punkowe fascynacje muzyczne. Nieustannie eksploruje literaturę współczesną i dawniejszą szukając nowych wyzwań i inspiracji - w październiku 2010 roku w Teatrze Polskim we Wrocławiu odbyła się premiera Kazimierza i Karoliny Ödöna von Horwátha. W Narodowym Starym Teatrze Jan Klata wyreżyserował do tej pory: Trzy stygmaty Palmera Eldritcha Philipa K. Dicka (2006), Oresteję Ajschylosa (2007), Trylogię według Henryka Sienkiewicza (2009) oraz Wesele hrabiego Orgaza według Romana Jaworskiego.