W jego imieniu władzę sprawowała matka, Helena z Glińskich. Nie rządziła sama, jako organ pomocniczy miała do dyspozycji Radę Regencyjną złożoną z bojarów. Układ ten nie gwarantował jednak spokoju, wręcz przeciwnie, w walce o przejęcie władzy nad księstwem, co jakiś czas dochodziło do licznych starć, głównie między wpływowymi rodzinami Szujskich i Bielskich. Rada Regencyjna skutecznie powstrzymywała pojawiających się kandydatów do tronu, często za pomocą tortur lub więzienia. Sytuację pogorszyła nagła śmierć Heleny (najprawdopodobniej otrutej) oraz, niedługo później, jej kochanka, księcia Iwana Oboleńskiego (uwięzionego i zagłodzonego na śmierć). Zapoczątkowało to gwałtowniejsze i okrutniejsze niż dotychczas walki bojarów. Jak podkreślają historycy, za cud można uznać fakt, iż młodociany Iwan nie stracił w tym okresie życia. Być może z uwagi na swój młody wiek nie był traktowany poważnie i przez to "odsuwany" od rządzenia i polityki księstwa. Trudno powiedzieć. Jedno jest pewne. Dziecku nie oszczędzono widoku śmierci wielu ludzi z jego otoczenia, ani szyderstw i upokorzenia. Okres terroru bojarów bez wątpienia musiał mieć wpływ na Iwana pogłębiając w nim nienawiść do bojarstwa. Jednym z jej skutków było powołanie do życia charakterystycznego tworu jakim była carska oprycznina. Bojarzy na celowniku Swoje młode lata Iwan poświęcił nauce. Tym samym stał się, w przeciwieństwie do swoich poprzedników, władcą wykształconym. Dorastając utwierdzał się także w przekonaniu o wyższości nieograniczonej władzy monarszej i konieczności rozprawienia się z bojarstwem. Iwan dał temu wyraz mając już 14 lat, kiedy rozkazał pojmać i zabić księcia Andrzeja Szujskiego, głowę walczącej wówczas o władzę rodziny. Śmierć Szujskiego niewiele jednak zmieniła. Pragnąc poprawić swą pozycję oraz kondycję administracyjną i ekonomiczną księstwa, młody władca rozpoczął rządy od szeregu nowatorskich, jak na ówczesne czasy, reform. Z jednej strony reformy - administracyjna, sądowa, cerkiewna czy wojskowa - w znaczny sposób pozbawiły bojarów wielu uprawnień, z drugiej, pogorszyły i tak już trudną sytuację biedoty chłopskiej. Jak łatwo się domyślić, reakcją na to było niezadowolenie. Obawiający się o swoją pozycję bojarzy rozpoczęli tworzenie opozycji skupionej wokół księcia Włodzimierza Starickiego. Okazja do przejęcia przez nich władzy narodziła się w 1553 r. (po zdobyciu chanatu kazańskiego), gdy car zapadł na ciężką chorobę. Ponieważ rokowania medyków nie były obiecujące, bojarzy zdecydowali się na wystawienie Starickiego jako swojego kandydata do tronu, pomijając carskiego syna, któremu należało złożyć przysięgę wierności. Do objęcia władzy nie doszło, podobno z konfliktu wycofał się bezpośrednio zainteresowany książę Staricki. Iwan natomiast niebawem wyzdrowiał i wyciągnął wnioski z poczynań szlachty. Na początku grudnia 1565 roku car niespodziewanie wyjechał do wsi Kołomienskoje pod Moskwą, a stamtąd dalej, do Słobody Aleksandrowskiej. Sam fakt wyjazdu nie dziwił nikogo - wszak możni często podróżowali m.in. w celach religijnych. Jednakże tym razem car wyjechał wraz z najbliższymi doradcami, całą biblioteką i kosztownościami. Wyglądało to tak, jakby rezygnował z rządów. Kilka tygodni później do Moskwy przybył posłaniec władcy, wręczając bojarom listy od cara. Iwan wytykał im nieudolność, opieszałość, brak chęci do walki za swój kraj, a także obarczał szeregiem innych zdrad i zabójstw dokonanych po śmierci Wasyla III. Nie pominął i duchowieństwa, które oskarżał m.in. o okradanie skarbu państwa. Podkreślił z naciskiem, iż to zdrada bojarów przyczyniła się do jego decyzji. Mieszkańcy Moskwy nie są winni powstałej sytuacji, mało tego, oni także cierpią z powodu ucisku bojarów. To swoiste socjotechniczne posunięcie cara, przyniosło oczekiwane przez niego skutki. Przeciwnicy polityczni nie podjęli próby zmian na tronie, "prosty lud", wymieniony przez Iwana w listach jako "moralnie czysty", teraz otwarcie wypowiadał swoje pretensje, reagując dokładnie wg zamysłu cara - utożsamiając swoje położenie z położeniem władcy i kierując gniew przeciwko bojarstwu.